Il s'agit de la commande LAdump qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
LAdump - affiche les alignements locaux des daligners dans un format simple
SYNOPSIS
LAdump [-cdt] [-o] src1:db|barrage [ src2:db|barrage ] aligner:las [ lit : FICHIER | lectures:plage ...]
DESCRIPTION
Comme LAshow(1), LAdump permet d'afficher les alignements locaux (LA) d'un sous-ensemble du
piles dans un fichier .las et sélectionnez les informations à afficher à leur sujet. La différence est
que les informations sont écrites dans un format ASCII "1-code" très simple qui facilite
pour que l'on puisse lire et analyser les informations pour une utilisation ultérieure. Pour chaque LA, la paire de lectures
est émis sur une ligne. -c demande que l'on affiche en outre les coordonnées du LA
les segments soient sortis. Le -d L'option demande que le nombre de différence dans le LA soit
sortie, et -t demande que les informations du point de trace soient sorties. Enfin, -o demandes
que seuls les LA qui constituent des chevauchements appropriés soient générés.
Le format est très simple. Chaque information demandée apparaît sur une ligne. Le
Le premier caractère de chaque ligne est un caractère "code 1" qui vous indique les informations à
attendez-vous à la ligne. Le reste de la ligne contient des informations sur l'emplacement de chaque élément.
séparés par un seul espace vide. La ligne des points de trace donne le nombre de points de trace
intervalles dans le LA et est immédiatement suivi d'autant de lignes contenant une paire de
nombres entiers donnant le nombre de différences et le déplacement b dans chaque point de trace successif
intervalle.
P #a #b - (#a,#b) ont un LA entre eux
C #ab #ae #bb #be - [#ab,#ae] s'aligne avec [#bb,#be]
D # - il y a # différences dans le LA
T #n - il y a #n intervalles de points de trace pour le LA
(#d #y )^#n - il y a une différence #d alignant les #y pb de B avec les
prochain intervalle de taille fixe de A
+ X # - Montant total de X (X = P ou T)
% X # - Quantité maximale de X dans n'importe quelle pile (X = P ou T)
@ T # - Nombre maximum de points de trace dans n'importe quelle trace
Les lignes à 1 code commençant par +, %, ou @ sont toujours les premières lignes de la sortie. Ils
donner des informations de taille sur ce qui est contenu dans la sortie. Plus précisément, '+ X #' donne
le nombre total de LA (X=P) ou le nombre total d'intervalles de points de trace (X=T) dans le
déposer . '% X #' donne le nombre maximum de LA (X=P) ou le nombre maximum de points de trace
intervalles (X=T) dans un temps donné empiler (collection de LA ayant tous la même lecture a (s'applique uniquement
à trier Enfin, @ T # donne le nombre maximum d'intervalles de points de trace dans n'importe quelle trace à l'intérieur
le fichier.
Utilisez LAdump en ligne à l'aide des services onworks.net
