LAshow - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

LAshow - affiche les alignements locaux à partir des fichiers .las

SYNOPSIS

LAshow [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1:db|barrage [src2:db|barrage] aligner:las
[lit : FICHIER | lectures:plage ...]

DESCRIPTION

LAshow produit une liste imprimée des alignements locaux contenus dans le .las spécifié
fichier, d'où proviennent les lectures a et b src1 ou de src1 ainsi que src2, respectivement. Si un
fichier ou la liste des plages de lecture est donnée, alors seuls les chevauchements pour lesquels la lecture a est en
l'ensemble spécifié par le fichier ou la liste sont affichés. Voir DBshow(1) pour une explication de
comment le fichier et la liste des plages de lecture sont interprétés.

OPTIONS

-F Inverser les rôles des lectures a et b sur l'affichage

-U Utiliser des majuscules pour la séquence d'ADN au lieu des minuscules par défaut

-iéchancrure
Définissez le retrait pour les affichages de bande dessinée et/ou d'alignement s'ils sont demandés.
(par défaut : 4)

-bnombre_symboles
Définir le nombre de symboles de chaque côté des segments alignés dans un alignement
affichage. (par défaut : 10)

-ww Ce paramètre est utilisé pour les modes d'affichage spécifiés par -a ainsi que -r. (défaut:
100)

-o Afficher uniquement les alignements qui sont des chevauchements appropriés, c'est-à-dire là où une séquence se termine
se produit à chaque extrémité de l'alignement

DISPLAY MODES
-c Rendu de dessin animé de l'alignement

-une, -r Afficher un alignement de l'alignement local

La -a option met exactement w colonnes par segment de l'affichage, tandis que le -r option
met exactement w a-read symboles dans chaque segment de l'affichage. Les -r le mode d'affichage est
utile quand on veut comparer visuellement deux alignements impliquant le même a-read. Si un
combinaison du -c, -aet -r flags est défini, puis le dessin animé vient en premier, puis le -a
l'alignement, et enfin le -r alignement.

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