Il s'agit de la commande masai_mapper qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
masai_mapper - Mapper masai
SYNOPSIS
masai_mapper [OPTIONS]
DESCRIPTION
Masai est un mappeur de lecture rapide et précis basé sur des graines approximatives et de multiples
faire marche arrière.
See http://www.seqan.de/projects/masai pour plus d'information.
(c) Copyright 2011-2012 par Enrico Siragusa.
-h, --Aidez-moi
Affiche ce message d'aide.
--version
informations sur la version d'affichage
Options de mappage :
-mm, --mode de mappage STR
Sélectionnez le mode de mappage. L'un de tous, le meilleur et le meilleur. Par défaut : tout-meilleur.
-mb, --mapping-block NUM
Nombre maximal de lectures à mapper simultanément. Dans la plage [10000..inf]. Défaut:
2147483647.
-e, --les erreurs NUM
Nombre maximum d'erreurs par lecture. Dans la plage [0..32]. Par défaut : 5.
-sl, --semence-longueur NUM
Longueur minimale des graines. Dans la plage [10..100]. Par défaut : 33.
-ng, --pas d'espace
Ne pas aligner les lectures avec des espaces.
Options d'index du génome :
-x, --indice STR
Sélectionnez le type d'index génomique. Un parmi esa, sa, qgram et fm. Par défaut : sa.
-xp, --index-préfixe STR
Spécifiez un nom de préfixe d'index génomique. Par défaut : utilisez le préfixe du nom de fichier du génome.
Options de sortie :
-o, --fichier de sortie DOSSIER
Spécifiez un fichier de sortie. Par défaut : utilisez le préfixe de nom de fichier reads. Types de fichiers valides
sont : raw et sam.
-NC, --pas de cigare
Ne pas sortir la chaîne CIGAR. Cela n'affecte que la sortie SAM.
Options de débogage :
-nv, --pas de vérification
Ne pas vérifier les résultats des semences.
-nd, --pas de vidage
Ne pas vider les résultats.
-nm, --pas de multiple
Désactivez les retours en arrière multiples.
VERSION
masai_mapper version : 0.7.1 [14053] Dernière mise à jour 2013-05-16
Utilisez masai_mapper en ligne en utilisant les services onworks.net