masai_mapper - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

masai_mapper - Mapper masai

SYNOPSIS

masai_mapper [OPTIONS]

DESCRIPTION

Masai est un mappeur de lecture rapide et précis basé sur des graines approximatives et de multiples
faire marche arrière.

See http://www.seqan.de/projects/masai pour plus d'informations.

(c) Copyright 2011-2012 par Enrico Siragusa.

-h, --Aidez-moi

Affiche ce message d'aide.

--version

informations sur la version d'affichage

Options de mappage :

-mm, --mode de mappage STR

Sélectionnez le mode de mappage. L'un de tous, le meilleur et le meilleur. Par défaut : tout-meilleur.

-mb, --mapping-block NUM

Nombre maximal de lectures à mapper simultanément. Dans la plage [10000..inf]. Défaut:
2147483647.

-e, --les erreurs NUM

Nombre maximum d'erreurs par lecture. Dans la plage [0..32]. Par défaut : 5.

-sl, --semence-longueur NUM

Longueur minimale des graines. Dans la plage [10..100]. Par défaut : 33.

-ng, --pas d'espace

Ne pas aligner les lectures avec des espaces.

Options d'index du génome :

-x, --indice STR

Sélectionnez le type d'index génomique. Un parmi esa, sa, qgram et fm. Par défaut : sa.

-xp, --index-préfixe STR

Spécifiez un nom de préfixe d'index génomique. Par défaut : utilisez le préfixe du nom de fichier du génome.

Options de sortie :

-o, --fichier de sortie DOSSIER

Spécifiez un fichier de sortie. Par défaut : utilisez le préfixe de nom de fichier reads. Types de fichiers valides
sont : raw et sam.

-NC, --pas de cigare

Ne pas sortir la chaîne CIGAR. Cela n'affecte que la sortie SAM.

Options de débogage :

-nv, --pas de vérification

Ne pas vérifier les résultats des semences.

-nd, --pas de vidage

Ne pas vider les résultats.

-nm, --pas de multiple

Désactivez les retours en arrière multiples.

VERSION

masai_mapper version : 0.7.1 [14053] Dernière mise à jour 2013-05-16

Utilisez masai_mapper en ligne en utilisant les services onworks.net