AnglaisFrançaisAllemandItalienPortugaisRusseEspagnol

Icône de favori OnWorks

masai_mapper - En ligne dans le Cloud

Exécutez masai_mapper dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande masai_mapper qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

PRÉNOM


masai_mapper - Mapper masai

SYNOPSIS

masai_mapper [OPTIONS]

DESCRIPTION

Masai est un mappeur de lecture rapide et précis basé sur des graines approximatives et de multiples
faire marche arrière.

Découvrir l' http://www.seqan.de/projects/masai pour plus d'information.

(c) Copyright 2011-2012 par Enrico Siragusa.

-h, --Aidez-moi

Affiche ce message d'aide.

--version

informations sur la version d'affichage

Options de mappage :

-mm, --mapping-mode STR

Sélectionnez le mode de mappage. L'un de tous, le meilleur et le meilleur. Par défaut : tout-meilleur.

-mb, --mapping-block NUM

Nombre maximal de lectures à mapper simultanément. Dans la plage [10000..inf]. Défaut:
2147483647.

-e, --les erreurs NUM

Nombre maximum d'erreurs par lecture. Dans la plage [0..32]. Par défaut : 5.

-sl, --semence-longueur NUM

Longueur minimale des graines. Dans la plage [10..100]. Par défaut : 33.

-ng, --no-gaps

Ne pas aligner les lectures avec des espaces.

Options d'index du génome :

-x, --indice STR

Sélectionnez le type d'index génomique. Un parmi esa, sa, qgram et fm. Par défaut : sa.

-xp, --index-prefix STR

Spécifiez un nom de préfixe d'index génomique. Par défaut : utilisez le préfixe du nom de fichier du génome.

Options de sortie :

-o, --fichier de sortie DOSSIER

Spécifiez un fichier de sortie. Par défaut : utilisez le préfixe de nom de fichier reads. Types de fichiers valides
sont : raw et sam.

-NC, --pas de cigare

Ne pas sortir la chaîne CIGAR. Cela n'affecte que la sortie SAM.

Options de débogage :

-nv, --no-verify

Ne pas vérifier les résultats des semences.

-nd, --pas de vidage

Ne pas vider les résultats.

-nm, --no-multiple

Désactivez les retours en arrière multiples.

VERSION

masai_mapper version : 0.7.1 [14053] Dernière mise à jour 2013-05-16

Utilisez masai_mapper en ligne en utilisant les services onworks.net


Ad


Ad

Derniers programmes en ligne Linux et Windows