Il s'agit de la commande maskseqe qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
maskseq - Écrire une séquence avec des régions masquées
SYNOPSIS
masqueseq -séquence séquence -Régions gamme [-baisser basculer] -maskchar un magnifique
-suite suite
masqueseq -Aide
DESCRIPTION
masqueseq est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Modifier".
OPTIONS
Entrée
-séquence séquence
Requis
-Régions gamme
Régions à masquer. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions.
les positions sont des nombres entiers. Ils sont séparés par tout caractère non numérique et non alpha.
Exemples de spécifications de région : 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Supplémentaire
-baisser basculer
La région peut être « masquée » en convertissant les caractères de la séquence en minuscules, certains
Les programmes non EMBOSS, comme Fasta, peuvent interpréter ceci comme une zone masquée. La séquence est
inchangée, hormis le changement de casse. Vous souhaiterez peut-être vous assurer que la séquence entière
est en majuscules avant de masquer les régions spécifiées en minuscules en utilisant le
Indicateur « -supper ». Valeur par défaut : N.
-maskchar un magnifique
Caractère à utiliser pour le masquage. La valeur par défaut est « X » pour les séquences protéiques et « N » pour les séquences nucléiques.
séquences. Si le caractère de masque est défini comme étant le caractère ESPACE ou un caractère nul,
puis la séquence est « masquée » en la mettant en minuscules, tout comme avec le
Indicateur « -minuscule ». Valeur par défaut : @($(acdprotein)?X:N)
Sortie
-suite suite
Utilisez maskseqe en ligne avec les services onworks.net
