Il s'agit de la commande maskseqe qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
maskseq - Écrire une séquence avec des régions masquées
SYNOPSIS
maskeq -séquence séquence -Régions gamme [-baisser basculer] -masquechar un magnifique
-suite suite
maskeq -Aide
DESCRIPTION
maskeq est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Modifier".
OPTIONS
Entrée
-séquence séquence
Requis
-Régions gamme
Régions à masquer. Un ensemble de régions est spécifié par un ensemble de paires de positions. Les
les positions sont des nombres entiers. Ils sont séparés par tout caractère non numérique et non alpha.
Exemples de spécifications de région : 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Supplémentaire
-baisser basculer
La région peut être « masquée » en convertissant les caractères de la séquence en minuscules, certains
les programmes non EMBOSS, par exemple fasta, peuvent interpréter cela comme une région masquée. La séquence est
inchangé hormis le changement de boîtier. Vous voudrez peut-être vous assurer que toute la séquence
est en majuscule avant de masquer les régions spécifiées en minuscules en utilisant le
drapeau '-souper'. Valeur par défaut : N
-masquechar un magnifique
Caractère à utiliser lors du masquage. La valeur par défaut est « X » pour les séquences protéiques, « N » pour les séquences nucléiques
séquences. Si le caractère de masque est défini sur le caractère ESPACE ou un caractère nul,
alors la séquence est « masquée » en la changeant en minuscules, tout comme avec le
indicateur '-minuscule'. Valeur par défaut : @($(acdprotein)?X:N)
Sortie
-suite suite
Utilisez maskseqe en ligne en utilisant les services onworks.net
