Il s'agit de la commande matchere qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
matcher - alignement local Waterman-Eggert de deux séquences
SYNOPSIS
matcheur -une séquence séquence -bséquence séquence [-fichier de données matrice] [-alternatives entier]
[-gapopen entier] [-gapeétendre entier] -fichier de sortie aligner
matcheur -Aide
DESCRIPTION
matcheur est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Alignement:Local".
OPTIONS
Entrée
-une séquence séquence
-bséquence séquence
-fichier de données matrice
Il s'agit du fichier de matrice de notation utilisé lors de la comparaison des séquences. Par défaut c'est le
fichier 'EBLOSUM62' (pour les protéines) ou le fichier 'EDNAFULL' (pour les séquences nucléiques). Ces
se trouvent dans le répertoire 'data' de l'installation d'EMBOSS.
Supplémentaire
-alternatives entier
Cela définit le nombre de correspondances alternatives en sortie. Par défaut uniquement le plus élevé
l'alignement des scores est affiché. Une valeur de 2 vous donne d'autres alignements raisonnables. Dans
certains cas, par exemple des comparaisons de protéines multidomaines d'ADNc et d'ADN génomique,
il peut y avoir d'autres alignements intéressants et significatifs. Valeur par défaut : 1
-gapopen entier
La pénalité d'écart est le score retiré lorsqu'un écart est créé. La meilleure valeur dépend
sur le choix de la matrice de comparaison. La valeur par défaut de 14 suppose que vous utilisez le
Matrice EBLOSUM62 pour les séquences protéiques, ou une valeur de 16 et la matrice EDNAFULL pour
séquences nucléotidiques. Valeur par défaut : @($(acdprotein)? 14 : 16)
-gapeétendre entier
La pénalité de longueur d'écart, ou d'extension d'écart, est ajoutée à la pénalité d'écart standard pour
chaque base ou résidu dans l'espace. C'est la durée pendant laquelle les écarts sont pénalisés. Habituellement, vous
attendez-vous à quelques intervalles longs plutôt qu'à de nombreux intervalles courts, donc la pénalité d'extension d'intervalle
devrait être inférieur à la pénalité d'écart. Une exception est lorsqu'une ou les deux séquences sont
lectures simples avec des erreurs de séquençage possibles, auquel cas vous vous attendriez à de nombreuses
lacunes de base simples. Vous pouvez obtenir ce résultat en réglant la pénalité d'écart à zéro (ou très
faible) et en utilisant la pénalité d'extension de l'écart pour contrôler la notation de l'écart. Valeur par défaut:
@($(acdprotéine)? 4 : 4)
Sortie
-fichier de sortie aligner
Utilisez matchere en ligne en utilisant les services onworks.net
