med2ris - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

med2ris - convertit les données bibliographiques Medline/Pubmed au format RIS

SYNOPSIS

med2ris [-e le plus journal] [-F de-encodage] [-h] [-i] [-l loglevel] [-L fichier journal] [-O filet]
[-O filet] [-q] [-t à-encodage] [-T type] [-y chemin]

DESCRIPTION

med2ris convertit les données de référence Pubmed en données RIS. Le convertisseur comprend à la fois les
étiqueté format Pubmed (qui ressemble superficiellement à RIS) et le format XML selon
le PubMedArticle DTD[1]. Dans la plupart des cas, med2ris est capable de détecter automatiquement l'entrée
type de données.

OPTIONS

-e destination du journal
log-destination peut avoir les valeurs 0, 1 ou 2, ou les chaînes équivalentes stderr,
syslog, ou filet, respectivement. Cette valeur spécifie où vont les informations du journal.
0 (zéro) signifie que les messages sont envoyés à stderr. Ils sont immédiatement disponibles sur le
mais ils peuvent interférer avec la sortie de la commande. 1 enverra la sortie au
installation syslog. Gardez à l'esprit que syslog doit être configuré pour accepter les messages de journal
à partir des programmes utilisateur, voir le syslog(8) page de manuel pour plus d'informations. Unix-like
les systèmes enregistrent généralement ces messages dans /var/log/user.log. 2 enverra les messages à
un fichier journal personnalisé qui peut être spécifié avec le -L option.

-f de-encodage
Sélectionnez l'encodage des caractères d'entrée. Les encodages pris en charge dépendent de la plate-forme et
se trouve généralement dans iconv_open(3). Si aucun encodage n'est spécifié, ISO-8859-1 aka
Latin-1 est supposé.

-h
Affiche l'aide et l'écran d'utilisation, puis quitte.

-i
Afficher des informations supplémentaires sur les balises inconnues ou inutilisées. Principalement utile pour déboguer le
conversion si le format d'entrée a changé.

-l niveau de journalisation
Spécifiez la priorité jusqu'à laquelle les événements sont enregistrés. C'est soit un nombre entre 0
et 7 ou l'une des cordes émergents, alerter, Critique, se tromper, avertissement, avis, info, déboguer,
respectivement (voir aussi les définitions de niveau de journal). -1 désactive complètement la journalisation. Un faible
un niveau de journal comme 0 signifie que seuls les messages les plus critiques sont enregistrés. Un journal plus élevé
level signifie que les événements moins critiques sont également enregistrés. 7 comprendra le débogage
messages. Ce dernier peut être verbeux et abondant, vous voulez donc éviter ce niveau de journalisation
sauf si vous avez besoin de traquer les problèmes.

-L fichier journal
Spécifiez le chemin d'accès complet à un fichier journal qui recevra les messages de journal. Typiquement ce
serait /var/log/refdba.

-o filet
Envoyer la sortie à filet. Si filet existe, son contenu sera écrasé.

-O filet
Envoyer la sortie à filet. Si filet existe, la sortie sera ajoutée.

-q
Démarrez sans lire les fichiers de configuration. Le client utilisera le temps de compilation
par défaut pour toutes les valeurs que vous ne définissez pas avec les commutateurs de ligne de commande.

-t à-encodage
Sélectionnez l'encodage des caractères de sortie. Les encodages pris en charge dépendent de la plate-forme et
se trouve généralement dans iconv_open(3). Si aucun encodage n'est spécifié, ISO-8859-1 aka
Latin-1 est supposé.

-T type
Remplace la détection de type automatique. Valeurs autorisées pour type sont "tag" et "xml"
pour le format Pubmed balisé et le format Pubmed XML, respectivement.

-y confier
Spécifiez le répertoire où se trouvent les fichiers de configuration globale Remarque : par défaut, tous
Les applications RefDB recherchent leurs fichiers de configuration dans un répertoire spécifié
lors de l'étape de configuration lors de la construction du package. C'est-à-dire que vous n'avez pas besoin du -y
option sauf si vous utilisez des binaires précompilés dans des emplacements inhabituels, par exemple en déplaçant un
paquet rpm.

CONFIGURATION

med2ris évalue le fichier med2risrc pour s'initialiser.

lampe de table 1. med2risrc
?? ??
│Variable │ Réglage par défaut │ Commentaires │
?? ??
│outfile │ (aucun) │ Le fichier de sortie par défaut │
│ │ │ nom. ??
?? ??
outappend │ t │ Détermine si │
│ │ │ la sortie est ajoutée (t) │
│ │ │ vers un fichier existant ou │
│ │ │ écrase (f) un
│ │ │ fichier existant. ??
?? ??
non mappé │ t │ Si défini sur t, inconnu
│ │ │ balises dans les données d'entrée │
│ │ │ sera affiché après │
│ │ un étiqueter; le
│ │ │ les données résultantes peuvent être │
│ │ │ inspecté puis être │
│ │ │ envoyé par sed à
│ │ enlevez-les
│ │ │ lignes supplémentaires. Si défini │
│ │ à f, les balises inconnues seront
│ │ │ être gracieusement ignoré. ??
?? ??
│from_enc │ ISO-8859-1 │ L'encodage des caractères │
│ │ │ des données d'entrée │
?? ??
│to_enc │ ISO-8859-1 │ L'encodage des caractères │
│ │ │ des données de sortie │
?? ??
│logfile │ /var/log/med2ris.log │ Le chemin complet d'un │
│ │ │ fichier journal personnalisé. C'est
│ │ │ utilisé uniquement si logdest est │
│ │ │ réglé de manière appropriée. ??
?? ??
│logdest │ 1 │ La destination du │
│ │ informations de journal. 0 =
│ │ │ imprimer sur stderr; 1 = utiliser │
│ │ │ la fonction syslog ; 2 =
│ │ utilise un fichier journal personnalisé. ??
│ │ │ Ce dernier a besoin d'un │
│ │ │ réglage correct de │
│ │ fichier journal. ??
?? ??
│loglevel │ 6 │ Le niveau de journalisation jusqu'à │
│ │ │ quels messages seront │
│ │ envoyé. Un réglage bas (0) │
│ │ │ n'autorise que le plus │
│ │ │ messages importants, un │
│ │ │ le réglage haut (7) permet │
│ │ │ tous les messages y compris │
│ │ messages de débogage. -1 signifie
│ │ │ rien ne sera enregistré. ??
?? ??

DONNEES TRAITEMENT DES SEMENCES

Les mots-clés avec plusieurs sous-titres MeSH sont divisés en plusieurs mots-clés avec un seul MeSH
sous-titre chacun. Cela simplifie grandement la recherche de sous-titres MeSH.

med2ris ne valide pas les fichiers d'entrée. C'est-à-dire que les fichiers d'entrée doivent s'en tenir au
règles des sources de données, sinon les résultats de la conversion ne sont pas prévisibles.

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