mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - Recalage non linéaire d'une série d'images 2D.

SYNOPSIS

mia-2dmyoset-all2one-non rigide -i -o [choix]

DESCRIPTION

mia-2dmyoset-all2one-non rigide Ce programme exécute l'enregistrement non rigide d'une série de
images données dans un ensemble d'images. Toutes les images sont enregistrées dans une référence définie par l'utilisateur
l'image.

OPTIONS

Fichier-IO
-i --in-file=(entrée, requise); chaîne de caractères
jeu de données de perfusion d'entrée

-o --out-file=(sortie, requise); chaîne de caractères
ensemble de données de perfusion de sortie

--out-filebase=reg
nom de fichier basae pour les fichiers enregistrés, le type de fichier est déduit de l'image
type de fichier dans l'ensemble de données d'entrée.

Inscription
-k --skip = 0
Ignorer les images au début de la série Ignorer les images au début de
les séries

-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Optimiseur utilisé pour la minimisation

-l --mg-niveaux=3
niveaux multi-résolutionniveaux multi-résolution

-f --transForm=spline
type de transformationtype de transformation Pour les plugins pris en charge, voir
PLUGINS:2dimage/transformer

-r --réf=-1
cadre de référence (-1 == utiliser l'image au milieu)cadre de référence (-1 == utiliser
image au milieu)

d’aide & Info
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

En cours
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

PLUGINS : 1j/splinebc

miroir Conditions aux limites d'interpolation de spline qui se reflètent sur la limite

(pas de paramètres)

répéter Conditions aux limites d'interpolation de spline qui répètent la valeur à la limite

(pas de paramètres)

zéro Conditions aux limites d'interpolation spline qui supposent zéro pour les valeurs extérieures

(pas de paramètres)

PLUGINS : 1j/splinekernel

bspline Création du noyau B-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [0, 5]
Degré de spline.

mamans Création du noyau OMoms-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [3, 3]
Degré de spline.

PLUGINS : 2dimage/coût

lncc corrélation croisée normalisée locale avec prise en charge du masquage., paramètres pris en charge
sont:

w = 5 ; uint dans [1, 256]
demi-largeur de la fenêtre utilisée pour évaluer la croix localisée
corrélation.

lsd Mesure de la distance des moindres carrés

(pas de paramètres)

mi Informations mutuelles basées sur Spline parzen., les paramètres pris en charge sont :

cut = 0 ; flotter dans [0, 40]
Pourcentage de pixels à couper à haute et basse intensités à supprimer
valeurs aberrantes.

mbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image animée.

noyau = [bspline:d=3] ; usine
Noyau Spline pour l'hinstogram parzen d'images animées. Pour les plug-ins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image de référence.

noyau = [bspline:d=0] ; usine
Noyau Spline pour l'image de référence parzen hinstogram. Pour les plug-ins pris en charge
ins voir PLUGINS:1d/splinekernel

nCC corrélation croisée normalisée.

(pas de paramètres)

nfg Cette fonction évalue la similarité de l'image sur la base du gradient normalisé
des champs. Divers noyaux d'évaluation sont disponibles, les paramètres pris en charge sont :

eval = ds ; dict
sous-type de plug-in. Les valeurs prises en charge sont :
sq - carré de la différence
ds ‐ carré de la différence mise à l'échelle
point ‐ noyau de produit scalaire
traverser ‐ noyau de produit croisé

ssd Coût imaga 2D : somme des différences au carré, les paramètres pris en charge sont :

battage automatique = 0 ; flotter dans [0, 1000]
Utiliser le masquage automatique de l'image en mouvement en ne prenant que les valeurs d'intensité
en compte qui sont plus grands que le seuil donné.

norme = 0 ; bobo
Définissez si la métrique doit être normalisée par le nombre de pixels de l'image.

masque automatique ssd
Coût de l'image 2D : somme des différences au carré, avec masquage automatique basé sur
seuils, les paramètres pris en charge sont :

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image de référence.

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image source.

PLUGINS : 2dimage/plein coût

image Fonction de coût de similarité d'image généralisée qui gère également la multi-résolution
En traitement. La mesure de similarité réelle est donnée comme paramètre supplémentaire.,
les paramètres pris en charge sont :

sables moins coûteux = ssd; usine
Noyau de fonction de coût. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/cost

déboguer = 0 ; bobo
Enregistrez les résultats intermédiaires pour le débogage.

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

étiquetteimage
Fonction de coût de similarité qui mappe les étiquettes de deux images et gère les étiquettes-
en préservant le traitement multi-résolution., les paramètres pris en charge sont :

déboguer = 0 ; entier dans [0, 1]
écrire les transformations de distance sur une image 3D.

étiquette max = 256 ; entier dans [2, 32000]
nombre maximal d'étiquettes à considérer.

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

image masquée
Fonction de coût de similarité d'image masquée généralisée qui gère également plusieurs
traitement de résolution. Les masques fournis doivent être des régions densément remplies dans
traitement multi-résolution car sinon les informations de masque peuvent être perdues
lors de la réduction d'échelle de l'image. Le masque de référence et le masque transformé du
l'image d'étude sont combinées par ET binaire. La mesure de similarité réelle est donnée
es paramètre supplémentaire., les paramètres pris en charge sont :

sables moins coûteux = ssd; usine
Noyau de fonction de coût. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS :2dimage/maskedcost

ref =(entrée, chaîne)
Image de référence.

ref-masque =(entrée, chaîne)
Masque d'image de référence (binaire).

src =(entrée, chaîne)
Image d'étude.

src-masque =(entrée, chaîne)
Masque d'image d'étude (binaire).

poids = 1 ; flotter
poids de la fonction de coût.

PLUGINS : image 2D/io

bmp Prise en charge d'entrée/sortie d'images BMP 2D

Extensions de fichiers reconnues : .BMP, .bmp

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

dico io d'image 2D pour DICOM

Extensions de fichiers reconnues : .DCM, .dcm

Types d'éléments pris en charge :
signé 16 bits, non signé 16 bits

exr un plugin 2dimage io pour les images OpenEXR

Extensions de fichiers reconnues : .EXR, .exr

Types d'éléments pris en charge :
32 bits non signé, virgule flottante 32 bits

jpg un plugin 2dimage io pour les images jpeg en niveaux de gris

Extensions de fichiers reconnues : .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Types d'éléments pris en charge :
8 bits non signé

png un plugin 2dimage io pour les images png

Extensions de fichiers reconnues : .PNG, .png

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés

brut Prise en charge de la sortie d'images RAW 2D

Extensions de fichiers reconnues : .RAW, .raw

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

tif Prise en charge d'entrée/sortie d'images TIFF 2D

Extensions de fichiers reconnues : .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés, 32 bits non signés

vue un plugin 2dimage io pour les images vista

Extensions de fichiers reconnues : .V, .VISTA, .v, .vista

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

PLUGINS : 2dimage/coût masqué

lncc corrélation croisée normalisée locale avec prise en charge du masquage., paramètres pris en charge
sont:

w = 5 ; uint dans [1, 256]
demi-largeur de la fenêtre utilisée pour évaluer la croix localisée
corrélation.

mi Informations mutuelles basées sur Spline parzen avec masquage., les paramètres pris en charge sont :

cut = 0 ; flotter dans [0, 40]
Pourcentage de pixels à couper à haute et basse intensités à supprimer
valeurs aberrantes.

mbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image animée.

noyau = [bspline:d=3] ; usine
Noyau Spline pour l'hinstogram parzen d'images animées. Pour les plug-ins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image de référence.

noyau = [bspline:d=0] ; usine
Noyau Spline pour l'image de référence parzen hinstogram. Pour les plug-ins pris en charge
ins voir PLUGINS:1d/splinekernel

nCC corrélation croisée normalisée avec support de masquage.

(pas de paramètres)

ssd Somme des différences au carré avec masquage.

(pas de paramètres)

PLUGINS : 2dimage/transformer

affiner Transformation affine (six degrés de liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

rigide Transformations rigides (c'est-à-dire rotation et translation, trois degrés de
liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

centre de pourriture = [[0,0]] ; 2dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5> correspond au centre du
rectangle de soutien.

rotation Transformations de rotation (c'est-à-dire rotation autour d'un centre donné, un degré de
liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

centre de pourriture = [[0,0]] ; 2dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5> correspond au centre du
rectangle de soutien.

spline Transformation de forme libre qui peut être décrite par un ensemble de coefficients B-spline
et un noyau B-spline sous-jacent., les paramètres pris en charge sont :

aniser = [[0,0]] ; 2dfvector
taux de coefficient anisotrope en pixels, les valeurs non positives seront
écrasé par la valeur 'rate'.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

kernel = [bspline:d=3] ; usine
noyau spline de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

peine = ; usine
Terme de pénalité de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 2dtransform/spline pénalité

taux = 10 ; flotter dans [1, inf)
taux de coefficient isotrope en pixels.

traduire Traduction uniquement (deux degrés de liberté), les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

vf Ce plug-in implémente une transformation qui définit une traduction pour chaque
point de la grille définissant le domaine de la transformation., pris en charge
les paramètres sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

PLUGINS : 2dtransform/splinepénalité

diviser divcurl pénalité sur la transformation, les paramètres pris en charge sont :

boucle = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur curl.

div = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur divergence.

norme = 0 ; bobo
Mis à 1 si la pénalité doit être normalisée par rapport à l'image
Taille.

poids = 1 ; flotter dans (0, inf)
poids de l'énergie de pénalité.

EXEMPLE

Enregistrez la série de perfusion donnée dans segment.set en optimisant une spline basée
transformation avec un taux de coefficient de 16 pixel utilisant Mutual Information et pénaliser
la transformation en utilisant divcurl avec un poids de 2.0.

mia-2dmyoset-all2one-non rigide -i segment.set -o registration.set
-f spline:rate=16,penalty=[divcurl:weight=2.0] image:cost=mi,weight=2.0

Auteurs)

Gert Wollny

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