mia-3dcost-translatedgrad - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mia-3dcost-translatedgrad - Évaluer le gradient de coût entre deux images et le convertir
à une représentation spline.

SYNOPSIS

mia-3dcost-translatedgrad -i -r -o [choix]

DESCRIPTION

mia-3dcost-translatedgrad Évaluer le gradient de coût entre deux images et évaluer le
gradient lié à la transformation pour celui-ci basé sur le modèle de transformation donné.

OPTIONS

-i --in-file=(entrée, requise); io
image d'entrée Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/io

-r --ref-file=(entrée, obligatoire); io
image de référence Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(sortie, requise); io
champ vectoriel de sortie Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dtransform/io

-g --gradimg-file=(sortie); io
image normale du dégradé transformé par spline Pour les types de fichiers pris en charge, voir
PLUGINS : 3dimage/io

-C --cost-gradimg-file=(sortie); io
image normale du gradient de coût Pour les types de fichiers pris en charge, voir
PLUGINS : 3dimage/io

-f --transForm=spline:taux=5
Transformation à laquelle se rapporte le gradientTransformation à laquelle se rapporte le gradient
Pour les plugins pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/transform

-c --coût=ssd
fonction de coût à utiliser fonction de coût à utiliser Pour les plugins pris en charge, voir
PLUGINS:3dimage/coût

d’aide & Info
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

En cours
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

PLUGINS : 1j/splinebc

miroir Conditions aux limites d'interpolation de spline qui se reflètent sur la limite

(pas de paramètres)

répéter Conditions aux limites d'interpolation de spline qui répètent la valeur à la limite

(pas de paramètres)

zéro Conditions aux limites d'interpolation spline qui supposent zéro pour les valeurs extérieures

(pas de paramètres)

PLUGINS : 1j/splinekernel

bspline Création du noyau B-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [0, 5]
Degré de spline.

mamans Création du noyau OMoms-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [3, 3]
Degré de spline.

PLUGINS : 3dimage/coût

lncc corrélation croisée normalisée locale avec prise en charge du masquage., paramètres pris en charge
sont:

w = 5 ; uint dans [1, 256]
demi-largeur de la fenêtre utilisée pour évaluer la croix localisée
corrélation.

mi Informations mutuelles basées sur Spline parzen., les paramètres pris en charge sont :

cut = 0 ; flotter dans [0, 40]
Pourcentage de pixels à couper à haute et basse intensités à supprimer
valeurs aberrantes.

mbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image animée.

noyau = [bspline:d=3] ; usine
Noyau Spline pour l'hinstogram parzen d'images animées. Pour les plug-ins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

rbins = 64 ; uint dans [1, 256]
Nombre de cases d'histogramme utilisées pour l'image de référence.

noyau = [bspline:d=0] ; usine
Noyau Spline pour l'image de référence parzen hinstogram. Pour les plug-ins pris en charge
ins voir PLUGINS:1d/splinekernel

nCC corrélation croisée normalisée.

(pas de paramètres)

nfg Cette fonction évalue la similarité de l'image sur la base du gradient normalisé
des champs. Étant donné les champs de gradient normalisés $ _S$ de l'image src et $ _R$ du
ref image divers évaluateurs sont implémentés., les paramètres pris en charge sont :

eval = ds ; dict
sous-type de plugin (sq, ds, dot, cross). Les valeurs prises en charge sont :
ds ‐ carré de la différence mise à l'échelle
point ‐ noyau de produit scalaire
traverser ‐ noyau de produit croisé

ssd Coût de l'image 3D : somme des différences au carré, les paramètres pris en charge sont :

battage automatique = 0 ; flotter dans [0, 1000]
Utiliser le masquage automatique de l'image en mouvement en ne prenant que les valeurs d'intensité
en compte qui sont plus grands que le seuil donné.

norme = 0 ; bobo
Définissez si la métrique doit être normalisée par le nombre de pixels de l'image.

masque automatique ssd
Coût de l'image 3D : somme des différences au carré, avec masquage automatique basé sur
seuils, les paramètres pris en charge sont :

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image de référence.

battre = 0 ; double
Valeur d'intensité seuil pour l'image source.

PLUGINS : image 3D/io

il analyse Analyser l'image 7.5

Extensions de fichiers reconnues : .HDR, .hdr

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits, signé 32 bits, virgule flottante 32 bits,
virgule flottante 64 bits

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

dico Série d'images Dicom en 3D

Extensions de fichiers reconnues : .DCM, .dcm

Types d'éléments pris en charge :
signé 16 bits, non signé 16 bits

hdf5 E/S image 5D HDF3

Extensions de fichiers reconnues : .H5, .h5

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, signé 64 bits, non signé 64 bits, flottant
virgule 32 bits, virgule flottante 64 bits

Inria image INRIA

Extensions de fichiers reconnues : .INR, .inr

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

mhd IO d'image 3D MetaIO utilisant l'implémentation VTK (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

chouette E/S image 1D NIFTI-3

Extensions de fichiers reconnues : .NII, .nii

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, 64 bits signé, 64 bits non signé, virgule flottante 32
bit, virgule flottante 64 bits

vff Format raster du soleil VFF

Extensions de fichiers reconnues : .VFF, .vff

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits

vue Vue 3D

Extensions de fichiers reconnues : .V, .VISTA, .v, .vista

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

vii Image 3D entrée et sortie VTK-XML (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .VTI, .vti

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

vtk Entrée et sortie héritées d'images VTK 3D (expérimentales).

Extensions de fichiers reconnues : .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

PLUGINS : 3dimage/transformer

affiner Transformation affine (12 degrés de liberté), les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

Axerot Transformation de rotation restreinte (1 degrés de liberté). La métamorphose est
limité à la rotation autour de l'axe donné autour de la rotation donnée
center, les paramètres pris en charge sont :

axe =(obligatoire, 3dfvector)
axe de rotation.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine =(obligatoire, 3dfvector)
centre de la transformation.

raffiner Transformation affine restreinte (3 degrés de liberté). La métamorphose est
limité à la rotation autour de l'axe donné et au cisaillement le long des deux axes
perpendiculairement à celui donné, les paramètres pris en charge sont :

axe =(obligatoire, 3dfvector)
axe de rotation.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine =(obligatoire, 3dfvector)
centre de la transformation.

rigide Transformation rigide, c'est-à-dire rotation et translation (six degrés de liberté).,
les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine = [[0,0,0]] ; 3dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5,0.5> correspond au centre de
le volume.

rotation Transformation de rotation (trois degrés de liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

origine = [[0,0,0]] ; 3dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5,0.5> correspond au centre de
le volume.

courbure Transformation restreinte (4 degrés de liberté). La métamorphose est
limité à la rotation autour des axes x et y et une flexion le long des x
axe, indépendant dans chaque sens, la flexion augmentant avec la
distance au carré de l'axe de rotation., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

Norot = 0 ; bobo
N'optimisez pas la rotation.

origine =(obligatoire, 3dfvector)
centre de la transformation.

spline Transformation de forme libre qui peut être décrite par un ensemble de coefficients B-spline
et un noyau B-spline sous-jacent., les paramètres pris en charge sont :

aniser = [[0,0,0]] ; 3dfvector
taux de coefficient anisotrope en pixels, les valeurs non positives seront
écrasé par la valeur 'rate'.

déboguer = 0 ; bobo
activer une sortie de débogage supplémentaire.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

kernel = [bspline:d=3] ; usine
noyau spline de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

peine = ; usine
terme d'énergie de pénalité de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 3dtransform/spline pénalité

taux = 10 ; flotter dans [1, inf)
taux de coefficient isotrope en pixels.

traduire Translation (trois degrés de liberté), les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

vf Ce plug-in implémente une transformation qui définit une traduction pour chaque
point de la grille définissant le domaine de la transformation., pris en charge
les paramètres sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

PLUGINS : transformation 3d/io

bbs E/S sérialisées binaires (non portables) des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .bbs

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

vue Stockage Vista des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .v, .v3dt

xml IO sérialisé XML des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .x3dt

PLUGINS : 3dtransform/splinepénalité

diviser divcurl pénalité sur la transformation, les paramètres pris en charge sont :

boucle = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur curl.

div = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur divergence.

norme = 0 ; bobo
Mis à 1 si la pénalité doit être normalisée par rapport à l'image
Taille.

poids = 1 ; flotter dans (0, inf)
poids de l'énergie de pénalité.

EXEMPLE

Évaluer le coût SSD entre src.v et ref.v et stocker le gradient de gradient
correspondant à une transformation spline dans grad.v3dt.

mia-3dcost-translatedgrad -i src.v -o grad.v3dt -f spline:rate=8 -c ssd

Auteurs)

Gert Wollny

DROIT D'AUTEUR

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l'option '--copyright'.

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