mia-3dmotioncompica-nonrigid - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mia-3dmotioncompica-nonrigid - Recalage non linéaire d'une série d'images 3D.

SYNOPSIS

mia-3dmotioncompica-non rigide -i -o [choix]

DESCRIPTION

mia-3dmotioncompica-non rigide Ce programme implémente une version 3D du mouvement
algorithme de compensation décrit dans Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
« La compensation automatique du mouvement de la respiration libre a acquis les données de perfusion myocardique par
utilisant Independent Component Analysis", Medical Image Analysis, 2012,
DOI : 10.1016/j.media.2012.02.004.

OPTIONS

Fichier-IO
-i --in-file=(entrée, requise); io
images d'entrée de fichiers numérotés consécutivement (nomXXXX.ext) Pour pris en charge
types de fichiers voir PLUGINS:3dimage/io

-o --out-file=(sortie, requise); io
nom de l'image de sortie (sous forme de chaîne au format C incluant un %04d afin de définir
la numérotation des fichiers) Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/io

--save-refs=
enregistrer les images de référence, la chaîne donnée est utilisée comme base de nom de fichier, le
le modèle numérique suit les images d'entrée et le format de sortie est toujours
'vue'

--save-regs=
enregistrer les images enregistrées intermédiaires, la chaîne donnée est utilisée comme nom de fichier
base, le modèle numérique suit les images d'entrée et le format de sortie est
toujours "vista"

--save-coeffs=
enregistrer la matrice de mélange dans un fichier texte

--save-features=
enregistrer les images de fonction au format PNG

d’aide & Info
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

ICA
-C --composants=0
Composantes ICA 0 = estimation automatique Composantes ICA 0 = automatique
estimation

--no-normaliser
ne pas normaliser les circuits intégrés

--no-meantrip
ne pas enlever la moyenne des courbes de mélange

-k --skip = 0
sauter les images au début de la série par exemple parce qu'elles sont d'autres
les modalités ignorent les images au début de la série, par exemple parce qu'elles
sont d'autres modalités

-m --max-ica-iter=400
nombre maximum d'itérations dans ICAnombre maximum d'itérations dans ICA

En cours
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

Inscription
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
Optimiseur utilisé pour la minimisation

-a --start-c-rate=32
taux de coefficient de démarrage dans les épines, est divisé par --c-rate-divider avec
chaque taux de coefficinet passstart dans les épines, est divisé par --c-rate-divider
à chaque passage

--c-rate-diviseur=4
diviseur de débit efficace pour chaque passe diviseur de débit efficace pour chaque passe

-d --start-divcurl=20
commencer le poids divcurl, est divisé par --divcurl-divider avec chaque passstart
poids divcurl, est divisé par --divcurl-divider à chaque passage

--divcurl-diviseur=4
mise à l'échelle du poids divcurl avec chaque nouvelle mise à l'échelle du poids passdivcurl avec chaque
nouveau passe

-w --imagecost=image:poids=1,coût=ssd,
coût de l'image

-l --mg-niveaux=3
niveaux multi-résolutionniveaux multi-résolution

-P --passe=3
laissez-passer d'enregistrement laissez-passer d'enregistrement

PLUGINS : image 3D/io

il analyse Analyser l'image 7.5

Extensions de fichiers reconnues : .HDR, .hdr

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits, signé 32 bits, virgule flottante 32 bits,
virgule flottante 64 bits

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

dico Série d'images Dicom en 3D

Extensions de fichiers reconnues : .DCM, .dcm

Types d'éléments pris en charge :
signé 16 bits, non signé 16 bits

hdf5 E/S image 5D HDF3

Extensions de fichiers reconnues : .H5, .h5

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, signé 64 bits, non signé 64 bits, flottant
virgule 32 bits, virgule flottante 64 bits

Inria image INRIA

Extensions de fichiers reconnues : .INR, .inr

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

mhd IO d'image 3D MetaIO utilisant l'implémentation VTK (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

chouette E/S image 1D NIFTI-3

Extensions de fichiers reconnues : .NII, .nii

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, 64 bits signé, 64 bits non signé, virgule flottante 32
bit, virgule flottante 64 bits

vff Format raster du soleil VFF

Extensions de fichiers reconnues : .VFF, .vff

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits

vue Vue 3D

Extensions de fichiers reconnues : .V, .VISTA, .v, .vista

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

vii Image 3D entrée et sortie VTK-XML (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .VTI, .vti

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

vtk Entrée et sortie héritées d'images VTK 3D (expérimentales).

Extensions de fichiers reconnues : .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

EXEMPLE

Enregistrez la série de perfusion donnée dans les images imagesXXXX.v en utilisant l'ICA 4 classes
estimation. Sautez deux images au début, utilisez au maximum 4 threads d'enregistrement, un nlopt
l'optimiseur basé et les autres utilisent les paramètres par défaut. Stockez le résultat dans
enregistréXXXX.v

mia-3dmotioncompica-non rigide -i images0000.v -o enregistré%04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt : opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300

Auteurs)

Gert Wollny

DROIT D'AUTEUR

Ce logiciel est protégé par copyright (c) 1999‐2015 Leipzig, Allemagne et Madrid, Espagne. Ça arrive
avec ABSOLUMENT AUCUNE GARANTIE et vous pouvez le redistribuer selon les termes du GNU
LICENCE PUBLIQUE GENERALE Version 3 (ou ultérieure). Pour plus d'informations, exécutez le programme avec le
l'option '--copyright'.

Utilisez mia-3dmotioncompica-nonrigid en ligne en utilisant les services onworks.net