miconv - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

miconv - Convertit les données d'images médicales entre les formats.

SYNOPSIS

microconv [Options] []

DESCRIPTION

miconv : convertit les données d'images médicales entre les formats.

Les formats de fichiers sont automatiquement identifiés par leur extension de fichier. Il attend à
au moins deux noms de fichiers/répertoires (pour le fichier d'entrée et de sortie) à la fin du
ligne de commande. Une exception est l'option '-l' qui n'en requiert qu'un
nom de fichier/répertoire pour lister son contenu.

Général options:
-l: répertorie l'ensemble de paramètres de protocole et les sorties séparés par des espaces. Utilisez '-l help' pour obtenir un
liste des paramètres possibles et '-l all' pour lister tous les paramètres. Le paramètre
'output-file' doit être omis lors de l'utilisation de cette option.

-p: charge ce protocole pour les valeurs par défaut

Passerelle options:
-Date: Date d'analyse [aaaammjj] (par défaut=20140807aaaammjj)

-fp: FOV dans le sens de la phase [mm] (par défaut=220.0mm)

-fr: FOV dans la direction de lecture [mm] (par défaut=220.0mm)

-fs: FOV dans la direction de la coupe [mm] (par défaut = 5.0 mm)

-n°: Nombre de mesures consécutives (par défaut=1)

-nx: Nombre de points dans le sens de lecture (par défaut=128)

-New York: Nombre de points dans le sens de la phase (par défaut=128)

-nz: Nombre de points dans la direction de la tranche (par défaut=1)

-pnaissance: Date de naissance du patient [aaaammjj] (par défaut=00000000aaaammjj)

-pid: Identifiant unique du patient (par défaut=Inconnu)

-pnom: Nom complet du patient (par défaut=Inconnu)

-psex: Sexe du patient (options=MFO , défaut=O)

-ppoids: Poids du patient [kg] (par défaut = 50.0 kg)

-scientifique: Nom du scientifique (par défaut=Inconnu)

-Dakota du Sud: Distance inter-tranches (de centre à centre) [mm] (par défaut = 10.0 mm)

-serd: Description de la série (par défaut=Inconnu)

-serno: Numéro de série (par défaut=1)

-St: Épaisseur de la tranche [mm] (par défaut = 5.0 mm)

-étalon: Description de l'étude (par défaut=Inconnu)

-nomtc: Nom de la bobine de transmission (par défaut=Inconnu)

-thé: Time-to-echo de la séquence [ms] (défaut=80.0ms)

-temps: Heure du scan [hhmmss] (par défaut=091009hhmmss)

-tr: Temps entre excitations consécutives [ms] (par défaut=1000.0ms)

Déposez votre dernière attestation lire options:
-cplx: Traiter les données comme complexes et extraire le composant donné (options=none abs pha real
imag , par défaut=aucun)

-ds: index de jeu de données à extraire si plusieurs jeux de données sont lus

-filtre: ne lit que les ensembles de données dont le paramètre de protocole 'key' contient la chaîne
'valeur' ​​(donné au format 'clé=valeur')

-fmap: Pour une utilisation réduite de la mémoire, conservez le mappage de fichiers après avoir lu les données (brutes), mais en écrivant
dans le tableau entraînera un crash

-jdx: Si plusieurs tableaux JDX sont présents, sélectionnez ceci

-rdialecte: Lire les données en utilisant le dialecte donné du format. (la valeur par défaut n'est pas de dialecte)

-rf: Format de lecture, utilisez-le pour remplacer l'extension de fichier (options=autodetect 3db analyze asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfichier jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit , par défaut = détection automatique)

-sauter: ignore ce nombre d'octets avant de lire les données brutes (par défaut=0)

Déposez votre dernière attestation écrire options:
-ajouter: Ajouter au fichier existant, uniquement pour les données brutes

-fnamepar: liste de paramètres de protocole séparés par des espaces à inclure lors de la création
noms de fichiers

-pas d'échelle: Ne pas redimensionner les valeurs lors du stockage d'entiers

-Divisé: Forcer le fractionnement des paires protocole-données dans des fichiers séparés.

De type: type de représentation de l'image (options = float automatique double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , par défaut=automatique)

-wdialecte: Écrire des données en utilisant le dialecte donné du format. (la valeur par défaut n'est pas de dialecte)

-wf: Format d'écriture, utilisez-le pour remplacer l'extension de fichier (options=autodetect 3db analyze asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfichier jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit , par défaut = détection automatique)

-wp: Stockez le protocole séparément dans ce fichier.

Filtres:
-aligner : Alignez les données sur la géométrie (emplacements des voxels) de
un fichier externe

-masque automatique : Créer un masque à l'aide d'un seuil automatique basé sur l'histogramme

-grappe : Créer des clusters de voxels adjacents/prochains voisins non nuls, triés par taille

-convoluer <noyau de convolution (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ),diamètre du noyau [mm]> : Convolution dans les dimensions spatiales

-detendre <Nombre de composants basse fréquence à supprimer,Moyenne nulle du résultat
timecourse> : Supprimer la dérive lente au fil du temps

-modifier <Chaîne de position/plage au format (timeframe,slicepos,phasepos,readpos),nouvelle valeur
of voxel> : Modifier les valeurs de voxel uniques

-genmasque : Créer un masque incluant tous les voxels avec valeur
dans une plage donnée

-isotrope : rendre l'image des voxels isotrope par interpolation (image
la géométrie ne changera pas)

-passe-bas : Filtrage passe-bas

-max : Couper toutes les valeurs au-dessus de la valeur maximale

-maxip : Effectuer une projection d'intensité maximale
sur une direction donnée

-fusionner  : fusionner des ensembles de données en un seul ensemble de données en développant la dimension temporelle

-min : Coupez toutes les valeurs en dessous de la valeur minimale

-mini : Effectuer une projection d'intensité minimale
sur une direction donnée

-nonNaN : Remplace chaque NaN par la valeur donnée

-pflip : Retourner les données dans le sens de la phase

-prange : Sélectionnez la plage dans
sens des phases

-projet : Effectuer une projection moyenne sur donné
direction

-masque quantil : Créer un masque incluant tous les voxels au-dessus de la fraction donnée
порог

-rééchantillonner : Redimensionnement temporel des données d'image

-redimensionner : Redimensionnement spatial des données d'image

-retrancher : retranche l'image à un donné
orientation

-rflip : Retourner les données dans le sens de la lecture

-Rouge : Rotation dans le plan

-arranger : Sélectionnez la plage dans
sens de lecture

-échelle : Redimensionner les valeurs de l'image

-glisser : Retourner les données dans le sens de la tranche

-décalage <readDirection shift [pixel],phaseDirection shift [pixel],sliceDirection shift
[pixel]> : Décaler les données dans l'espace

-heure de tranche : Corriger pour
différents points de temps d'acquisition de tranches

-épissure : épissure le
image dans la direction donnée

-range : Sélectionnez la plage dans
sens de la tranche

-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : échanger/réfléchir les dimensions en spécifiant une direction
triple avec signe de réflexion facultatif ajouté

-tuile : Combinez des tranches dans une image 2D carrée

-étrange : Sélectionnez la plage dans
sens du temps

-tshift : Décaler les données dans le temps

-typemax : coupe toutes les valeurs au-dessus du maximum d'un type de données spécifique

-typemin : Coupez toutes les valeurs en dessous du minimum d'un type de données spécifique

-utiliser un masque : Créer un jeu de données 1D comprenant toutes les valeurs dans le masque à partir du fichier

Autre options:
-v ou pour déboguer/tracer tous les composants ou un seul
composant, respectivement. Les valeurs possibles pour le niveau de journalisation sont : 0(noLog), 1(errorLog),
2 (journal d'avertissement), 3 (journal d'informations).

-h, --Aidez-moi, -Aide, --version : Imprimer le texte d'aide ou les informations sur la version

Appareils filet extensions (formats):
3db (données binaires Iris3D)

il analyse
(NIFTI/ANALYSE, dialectes : fsl )

asc (ASCII, dialectes : tcourse )

coi (jeux de données JCAMP-DX)

dat (matrice de données Matlab ascii 2D)

dcm (DICOM, dialectes : siemens )

double (double données brutes)

float (données brutes flottantes)

gz (conteneur GNU-Zip pour d'autres formats)

hdr (Interfile, dialectes : neurostat )

hdr (NIFTI/ANALYSE, dialectes : fsl )

idx (indices 3D non nuls en ASCII)

ima (DICOM, dialectes : siemens )

interfiler
(Interfile, dialectes : neurostat )

jdx (format d'image JCAMP-DX)

mag (DICOM, dialectes : siemens )

mhd (MétaImage)

nii (NIFTI/ANALYSE, dialectes : fsl )

ph (DICOM, dialectes : siemens )

png (Graphiques réseau portables)

pos (positions xy des non-zéros en ASCII)

pro (protocoles de mesure ODIN)

reg (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (données brutes 16 bits signées)

s32bit (données brutes 32 bits signées)

s8bit (données brutes 8 bits signées)

smp (jeux de données JCAMP-DX)

u16bit (données brutes 16 bits non signées)

u32bit (données brutes 32 bits non signées)

u8bit (données brutes 8 bits non signées)

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