mincresample - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mincresample - rééchantillonne un fichier minc selon de nouvelles dimensions spatiales

SYNOPSIS

petit échantillon [ ]

DESCRIPTION

Petit échantillon rééchantillonnera un fichier minc selon de nouvelles dimensions spatiales avec un nouveau voxel
postes. Chaque volume dans le fichier d'entrée (donné par les dimensions spatiales xspace, yspace
et zspace) est rééchantillonné selon les options de la ligne de commande. Les dimensions non spatiales sont
conservés dans leur ordre d'origine, mais les dimensions spatiales peuvent être réordonnées pour donner
images transversales, sagittales ou coronales. Les nouvelles valeurs de voxels sont calculées à l'aide de tri-
interpolation linéaire, tricubique ou du plus proche voisin.

MONDE COORDONNEES

Les coordonnées mondiales font référence aux coordonnées millimétriques relatives à une origine physique
(soit le scanner, soit une structure anatomique). Les coordonnées Voxel sont simplement les
indices dans le volume d'image d'un voxel donné. Afin de spécifier les
options de rééchantillonnage, il est nécessaire de comprendre comment fonctionnent les conversions de coordonnées MINC.

Chaque dimension d'un volume d'image MINC est spécifiée par son nom - les dimensions spatiales sont
xspace, yspace et zspace. La convention est que les coordonnées positives de l'espace x s'exécutent à partir du
du côté gauche au côté droit du patient, les coordonnées positives de l'espace y sont exécutées à partir de la partie postérieure du patient
les coordonnées zspace antérieures et positives vont d'inférieur à supérieur. Pour chacun de
ces dimensions spatiales, la conversion des coordonnées mondiales est spécifiée par une paire de
attributs : étape et démarrage. La coordonnée du monde xspace, par exemple, est calculée en utilisant x
= v*step + start, où x est la coordonnée du monde x et v est le nombre de voxels (à partir de
zéro). Ainsi, la magnitude de l'attribut step spécifie la distance entre les voxels et
le signe de l'attribut step spécifie l'orientation de l'axe.

Il y a une autre tournure : les fichiers MINC sont autorisés à avoir des axes non orthogonaux avec le
les dimensions ne sont pas parfaitement alignées avec l'axe nommé. Il peut y avoir une direction_cosinus
attribut qui donne la véritable orientation de l'axe. Par exemple, normalement le xspace
dimension doit s'aligner avec l'axe X du monde, c'est-à-dire. cosinus de direction = (1,0,0); cependant,
il est possible d'avoir un cosinus directeur de (0.9, 0.43589, 0).

Ces attributs (step, start et direction_cosines) fournissent une conversion de voxel
coordonnées aux coordonnées mondiales. Combiné avec un certain nombre d'éléments ou d'échantillons le long d'un
axe, ils fournissent une description complète de l'endroit où l'échantillonnage de sortie devrait être.
Cependant, lorsque nous rééchantillonnons des données, nous sommes fréquemment intéressés par un changement de monde
coordonnées : du système de coordonnées d'un scanner IRM au système de coordonnées d'un scanner TEP,
par exemple, ou d'un volume dans son espace d'acquisition à des coordonnées dans un
espacer. Ce changement de coordonnées mondiales peut être spécifié par l'utilisation d'un
fichier de transformation (.xfm). Ainsi, en général, le rééchantillonnage comporte trois
transformations : des coordonnées voxel du fichier d'entrée à ses coordonnées mondiales
(spécifié par le fichier d'entrée), des coordonnées du monde d'entrée au monde de sortie
coordonnées (spécifiées par le fichier de transformation) et du monde du fichier de sortie
coordonnées à ses coordonnées voxel (spécifiées par les options de ligne de commande).

En général, les cosinus directeurs sont rarement utilisés - la réorientation des axes est spécifiée par un
changement de coordonnées mondiales (le fichier de transformation). De plus, le rééchantillonnage des positions
(conversion du monde en sortie en voxel) sont souvent spécifiés par rapport à un fichier modèle (c'est-à-dire.
rééchantillonner ce fichier pour qu'il ressemble à ce fichier). Bien qu'il existe de nombreuses options pour un
spécification complète de la transformation, il n'est généralement pas nécessaire de spécifier plus
que quelques-uns d'entre eux.

OPTIONS

Notez que les options peuvent être spécifiées sous forme abrégée (tant qu'elles sont uniques) et
peut être donné n'importe où sur la ligne de commande.

Général Options

-2 Créez des fichiers de sortie au format MINC 2.0.

-tabasser
Écraser un fichier existant.

-noclobber
N'écrase pas un fichier existant (par défaut).

-verbeux
Imprimez les informations de progression pour chaque tranche calculée (par défaut).

-silencieux N'imprimez pas les informations de progression.

Rééchantillonnage spécification

Options qui donnent l'échantillonnage de sortie (tous les éléments suivants sauf -transformation) sont
analysés dans l'ordre dans lequel ils apparaissent sur la ligne de commande. Ainsi une commande avec -Comme
fichier.mnc -zéléments 34 -zétape 2 donnera un échantillonnage comme celui dans le fichier dans fichier.mnc mais
avec 34 échantillons à 2 mm le long du zspace axe. L'échantillonnage par défaut est tiré du
fichier d'entrée, transformé selon n'importe quelle transformation.

-transformation fichier.xfm
Spécifiez un fichier donnant la transformation des coordonnées mondiales (la valeur par défaut est l'identité
transformation).

-invert_transformation
Inversez la transformation avant de l'utiliser.

-noinvert_transformation
Ne pas inverser la transformation (par défaut).

-tfm_input_sampling
Transformez l'échantillonnage d'entrée (en utilisant la transformation spécifiée par -transformation)
avec les données et l'utiliser comme échantillonnage par défaut (par défaut).

-use_input_sampling
Utiliser l'échantillonnage d'entrée comme échantillonnage par défaut, tel quel, sans transformation, même
bien que les données soient transformées (ancien comportement).

-Comme fichier.mnc
Spécifiez un fichier modèle qui donne le monde de sortie à la transformation et au nombre de voxels
d'éléments (c'est-à-dire transformer ce fichier pour qu'il ressemble à celui-ci).

-échantillonnage_standard
Réglez l'échantillonnage sur des valeurs standard (début = 0, pas = 1, point cosinus directionnel
le long des axes appropriés).

-type d'espace un magnifique
Définissez le nom de l'espace de sortie (généralement originaire de____ or talairach_).

-talairach
Définissez le nom de l'espace de sortie sur talairach_.

-unités un magnifique
Définissez les unités de l'espace de sortie.

-origine ox oy oz
Spécifiez la coordonnée du premier voxel. Ce n'est pas la même que la valeur de départ
si les cosinus directeurs ne sont pas standard. De plus, le début n'est pas seulement un
projection perpendiculaire de l'origine sur l'axe, c'est une projection parallèle
(comme dans une projection en parallélogramme multidimensionnel). La conversion est gérée
correctement par cette option.

-éléments nx ny nz
Nombre d'éléments le long de chacune des dimensions du monde.

-xéléments nx
Nombre d'éléments le long de la dimension xspace.

-les éléments ny
Nombre d'éléments le long de la dimension yspace.

-zéléments nz
Nombre d'éléments le long de la dimension zspace.

-étape étape x étape zétape
Faites un pas entre les voxels le long de chacune des dimensions du monde.

-xétape étape x
Faites un pas entre les voxels le long de la dimension xspace.

-ystep étape
Faites un pas entre les voxels le long de la dimension yspace.

-zétape zétape
Faites un pas entre les voxels le long de la dimension zspace.

-Début xdémarrer ycommencer zstart
Position du centre du premier voxel le long de chacune des dimensions du monde.

-xdémarrer xdémarrer
Position du centre du premier voxel le long de la dimension de l'espace x.

-ystart ycommencer
Position du centre du premier voxel le long de la dimension yspace.

-zdébut zstart
Position du centre du premier voxel le long de la dimension zspace.

-directeurs x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Cosinus de direction pour chacun des axes du monde.

-xdircos x1 x2 x3
Cosinus de direction pour la dimension de l'espace x.

-ydircos y1 y2 y3
Cosinus de direction pour la dimension yspace.

-zdircos z1 z2 z3
Cosinus de direction pour la dimension zspace.

Dimension commande

La valeur par défaut est de conserver l'ordre des dimensions d'origine.

-transversal
Écrivez des tranches transversales.

-sagittal
Écrivez des coupes sagittales.

-coronaire
Écrivez des coupes coronales.

Sortie données type et gamme

La valeur par défaut pour le type, le signe et la plage valide consiste à utiliser ceux du fichier d'entrée. Si le type est
spécifié, le signe et la plage valide sont tous deux définis sur la valeur par défaut pour ce type. Si le signe est
spécifié, la plage valide est définie sur la valeur par défaut pour le type et le signe.

-octet Stockez les voxels de sortie au format entier 8 bits.

-court Stockez les voxels de sortie au format entier 16 bits.

-int Stockez les voxels de sortie au format entier 32 bits.

-longue Remplacé par -int.

-flotter Stockez les voxels de sortie au format à virgule flottante 32 bits.

-double
Stockez les voxels de sortie au format à virgule flottante 64 bits.

-signé
Écrivez les valeurs sous forme d'entiers signés (par défaut pour court et long). Ignoré pour
types à virgule flottante.

-non signé
Écrivez les valeurs sous forme d'entiers non signés (par défaut pour l'octet). Ignoré pour flottement
types de points.

-gamme m. max
spécifie la plage valide des valeurs de voxel de sortie. La valeur par défaut est la plage complète pour le
taper et signer. Cette option est ignorée pour les valeurs à virgule flottante.

-keep_real_range
Conserver le minimum et le maximum réels du volume d'entrée, de sorte que les valeurs soient
mis à l'échelle de la même manière en sortie. Ceci est particulièrement utile pour rééchantillonner l'étiquette
volumes où l'interpolation des valeurs d'intensité n'a pas de sens.

-nokeep_real_range
Recalculez le minimum et le maximum réels pour chaque tranche de sortie. C'est la valeur par défaut.

Maniabilité of indéfini (invalide) voxel valeurs

-remplir Les voxels de sortie qui tombent en dehors du volume d'entrée ont des valeurs indéfinies. Quand le
-remplir est utilisée, ces voxels reçoivent une valeur qui est en dehors de la valeur valide
portée (inférieure au minimum valide, si le type, le signe et la portée valide le permettent) donc
qu'ils peuvent être détectés par d'autres logiciels. Les valeurs de ces voxels ne sont pas
inclus dans le image-max et image-min variables.

-aucun remplissage
Utilisez une valeur réelle/physique (pas une valeur de voxel) de zéro pour les points en dehors de l'entrée
le volume. Ces points sont inclus dans le calcul de la image-max et image-min
variables. C'est la valeur par défaut.

-valeur de remplissage valeur de remplissage
Spécifie une valeur réelle/physique (pas une valeur de voxel) pour les points en dehors de l'entrée
le volume. Les points ne sont pas inclus dans le calcul du image-max et image-
m. variables.

interpolation Options

-trilinéaire
Faites une interpolation tri-linéaire entre les voxels. Les bords du volume sont au
centre du premier et du dernier voxels d'une dimension. C'est la valeur par défaut.

-tricubique
Faites une interpolation tri-cubique entre les voxels. Les bords du volume sont au
centre du premier et du dernier voxels d'une dimension.

-le_voisin_le plus proche
Faire l'interpolation du plus proche voisin entre les voxels (c'est-à-dire trouver le voxel le plus proche de
le point et utiliser sa valeur). Les bords du volume sont au bord du premier
et les derniers voxels d'une dimension (centre +/- demi-séparation de voxels).

-sinc Faire une interpolation fenêtrée-sinc renormalisée entre les voxels, comme décrit par Thacker
et coll. JMRI 10:582-588 (1999).

-largeur n
Spécifie la demi-largeur du noyau d'interpolation sinc, dans la plage de 1 à
10. La largeur complète du noyau sinc est n * 2 + 1, et varie donc de 3 à 21.
La valeur par défaut est 5, ce qui donne une pleine largeur de 11.

-hanning
Utilisez une fenêtre de Hanning avec l'interpolant sinc. C'est la valeur par défaut.

-marteler
Utilisez une fenêtre de Hamming avec l'interpolant sinc.

Générique Options

-Aide Imprimez le résumé des options de la ligne de commande et quittez.

-version
Imprimez le numéro de version du programme et quittez.

EXEMPLES

Rééchantillonnez le cerveau d'un individu dans un espace standardisé sur une grille d'échantillonnage standard :

mincresample individuel.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_to_standard_space.xfm \
-comme standard_sampling.mnc

Rééchantillonnez un volume IRM à faire correspondre avec un volume TEP, mais avec une résolution plus fine :

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transformer mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-étape 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-éléments 256 256 64

Transformer un volume transversal en volume sagittal :

mini-échantillon transversal.mnc sagittal.mnc \
-sagittal -le plus proche

Transformez un volume transversal de 256x256x64 (1x1x2mm) en volume sagittal de 256x128x256 (1x1x1mm) :

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zétape 1 -znelem 128

Obtenez un échantillonnage axial plus fin sur un volume PET :

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -zéléments 46

Utilisez mincresample en ligne en utilisant les services onworks.net