C'est la commande mirabait qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
mirabait - sélectionnez des lectures dans une collection de lectures
SYNOPSIS
Mirabait [-f ] [-t [-t ...]] [-iklor] fichier d'appâts
DESCRIPTION
Mirabait sélectionne les lectures d'une collection de lectures qui sont en partie similaires ou égales à
séquences définies comme appâts cibles. La similarité est définie en trouvant un
nombre de k-mers communs (séquences de k bases consécutives) qui sont les mêmes dans l'appât
séquences et les séquences tramées à sélectionner, soit en marche avant soit en marche arrière
direction complémentaire.
OPTIONS
-f
charge ce type de fichiers de projet, où fromtype est :
séquences caf de la CAF
séquences maf de MAF
séquences doctorales d'un doctorat
séquences gbf d'un GBF
séquences fasta d'un FASTA
séquences fastq d'un FASTQ
-t
écrire les séquences de ce type (plusieurs mentions de -t sont autorisés):
séquences fasta vers FASTA
séquences fastq vers FASTQ
séquences caf vers CAF
séquences maf vers MAF
noms de séquence txt dans un fichier texte
-k k-mer, longueur de l'appât dans les bases (<32, par défaut=31)
-n Min. nombre d'appâts k-mer nécessaires (par défaut=1)
-i Inverse hit : n'écrit que les séquences qui n'atteignent pas l'appât
-r Pas de vérification de la direction du complément inverse
-o Offset de qualité fastq (uniquement pour -f = 'fastq') Décalage des valeurs de qualité dans FASTQ
déposer. Par défaut : 33 Une valeur de 0 essaie de reconnaître automatiquement.
-f
charge ce type de fichiers de projet, où fromtype est :
séquences caf de la CAF
séquences maf de MAF
séquences doctorales d'un doctorat
séquences gbf d'un GBF
séquences fasta d'un FASTA
séquences fastq d'un FASTQ
-t
écrire les séquences de ce type (plusieurs mentions de -t sont autorisés):
séquences fasta vers FASTA
séquences fastq vers FASTQ
séquences caf vers CAF
séquences maf vers MAF
noms de séquence txt dans un fichier texte
-k k-mer, longueur de l'appât dans les bases (<32, par défaut=31)
-n Min. nombre d'appâts k-mer nécessaires (par défaut=1)
-i Inverse hit : n'écrit que les séquences qui n'atteignent pas l'appât
-r Pas de vérification de la direction du complément inverse
-o Offset de qualité fastq (uniquement pour -f = 'fastq') Décalage des valeurs de qualité dans FASTQ
déposer. Par défaut : 33 Une valeur de 0 essaie de reconnaître automatiquement.
Utilisez mirabait en ligne en utilisant les services onworks.net
