Il s'agit de la commande mpialign qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
mpialign - alignement local parallèle de séquences biologiques
SYNOPSIS
mpialign [-s scores] [-S split] [-H hblk] [-V vblk] fichier1 fichier2
DESCRIPTION
mpiAlign est un aligneur de séquence local, spécialement conçu pour être utilisé avec de grands
Séquences d'ADN, avec plus de 1Mbp (Millions de paires de bases). Il utilise le Smith-Waterman
algorithme exact avec fonction de coût d'écart affine pour effectuer cette tâche.
Général options:
-h afficher cette aide et quitte
-s
spécifier une liste de scores séparés par des virgules à utiliser lors du calcul de l'alignement
matrices tout au long du programme. La liste doit être au format
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION" (sans les guillemets), et est analysé dans ce
Ordre PRÉCIS ; aucun espace n'est autorisé entre les valeurs. S'il y a des non spécifiés
paramètres, ceux-ci sont définis sur des valeurs par défaut et un message d'avertissement est émis ;
les paramètres dépassant sont rejetés
Étape 2 options:
-S
(mpialign uniquement) nombre de parties dans lesquelles diviser la matrice d'alignement ; après ça
étape, un modèle de bloc cyclique est appliqué, en subdivisant chaque partie de manière égale entre tous
nœuds disponibles
-H
(mpialign uniquement) nombre de subdivisions horizontales faites par chaque nœud à son
sous-matrice d'alignement ; puisque cette valeur définit la largeur du bloc, un bon choix devrait
permettre à deux lignes matricielles complètes de s'adapter aux pages de cache du processeur, améliorant l'algorithme
performance
-V
(mpialign uniquement) nombre de subdivisions verticales effectuées par chaque nœud jusqu'à son alignement
sous-matrice ; cette valeur affecte directement la quantité de communication entre les nœuds et est
utilisé UNIQUEMENT si 'split' est défini sur 1, sinon il est défini sur le nombre de disponibles
nœuds
Utiliser mpialign en ligne en utilisant les services onworks.net
