Il s'agit de la commande NAST-iEr qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
nast-ier - Outil d'alignement d'ADN basé sur NAST
DESCRIPTION
L'utilitaire d'alignement NAST-iEr aligne une seule séquence nucléotidique brute par rapport à une ou plusieurs
Séquences formatées NAST.
L'algorithme d'alignement implique un alignement global du profil de programmation dynamique sur un profil fixe
Séquences de modèles alignées multiples (formatées NAST) sans aucune pénalité d'espacement final.
NAST-iEr fait partie de la suite microbiomeutil.
OPTIONS
Obligatoire:
--query_FASTA
interroger la base de données au format FASTA (séquences alignées sur NAST)
Optionnel: (sauf si par défaut sommes-nous pas ensemble!)
--db_NAST
base de données de référence au format NAST (par défaut :
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
base de données de référence au format FASTA (par défaut :
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
--num_top_hits
nombre de meilleurs résultats à utiliser pour l'alignement du profil (par défaut : 10)
--Évaluer
Évaluer la valeur limite pour les meilleurs coups (par défaut : 1e-50)
Utilisez NAST-iEr en ligne à l'aide des services onworks.net
