Il s'agit de la commande obminimize qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
réduire au minimum — optimiser la géométrie, minimiser l'énergie pour une molécule
SYNOPSIS
réduire au minimum [OPTIONS] nom de fichier
DESCRIPTION
L'outil obminimize peut être utilisé pour minimiser l'énergie des molécules à l'intérieur de la (multi-)molécule
fichiers (par exemple, MOL2, etc.)
OPTIONS
Si aucun nom de fichier n'est donné, obminimize donnera toutes les options, y compris le
champs de force.
-n mesures
Spécifiez le nombre maximum d'étapes (par défaut = 2500)
-cg Utiliser l'algorithme des gradients conjugués (par défaut)
-Dakota du Sud Utiliser l'algorithme de descente la plus raide
-c critères
Définir les critères de convergence (par défaut=1e-6)
-ff champ de force
Sélectionnez le champ de force
EXEMPLES
Affichez les options possibles, y compris les champs de force disponibles :
réduire au minimum
Minimiser l'énergie pour la ou les molécules dans le fichier test.mol2 :
obminimiser test.mol2
Minimisez l'énergie de la ou des molécules dans le fichier test.mol2 à l'aide du champ de force Ghemical :
obminimize -ff Ghemical test.mol2
Minimiser l'énergie pour la ou les molécules dans le fichier test.mol2 en prenant au maximum 300 géométries
étapes d'optimisation
obminimiser -n 300 test.mol2
Minimiser l'énergie pour la ou les molécules dans le fichier test.mol2 en utilisant la descente la plus raide
algorithme et critères de convergence 1e-5 :
obminimiser -sd -c 1e-5 test.mol2
Utilisez obminimize en ligne à l'aide des services onworks.net
