Il s'agit de la commande odinreco qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
odinreco - Reconstruction automatique des séquences ODIN
SYNOPSIS
odinreco [ Options ] -r
DESCRIPTION
odinreco : Reconstruction automatique des séquences ODIN
odinreco fournit une reconstruction générique pour les séquences d'imagerie (spin-warp,
EPI, RARE, ...). Il récupère les informations sur le signal acquis à partir du
fichier 'recoInfo' qui est stocké sur le disque avec les données brutes. Le recoInfo
le fichier contient des informations sur la position dans l'espace k de chaque fenêtre d'acquisition
(ADC). En sortie, odinreco génère un tas de fichiers avec différents formats d'image
(selon l'option -f et des bibliothèques tierces disponibles pour ODIN). Le nom du fichier
de chaque fichier commence par le préfixe de sortie donné.
OPTIONS
-bcw: Pondération de corrélation de toutes les lames par rapport à la moyenne de toutes les lames (dans l'espace image)
-bf: Fonction de filtre pour la correction de phase de lame (options = Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , par défaut = NoFilter)
-bfw: Largeur de la fonction de filtre utilisée pour la correction de phase de lame.[0.0 (0%) ... 1.0
(100 %) de la largeur de la lame ; -1.0 (100%) ... 0.0 (0%) de la largeur du centre] (par défaut = 1.0)
-bkf: Fonction filtre lame-trou de serrure (et ses arguments) (options=Gauss NoFilter Triangle
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, par défaut = CosSq)
-bkt: Largeur de transition lame-trou de serrure (fraction du centre de l'espace k suréchantillonné)
(par défaut=0.20)
-bwf: Fonction Window/Filter pour la pondération kspace de chaque lame (options=Gauss NoFilter
Triangle Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, par défaut = Triangle)
-bww: Largeur de fenêtre/filtre pour la pondération kspace de chaque lame (par défaut=1.0)
-cp: Utiliser la transformée de Fourier directe avec correction de phase conjuguée au lieu du maillage
-dce: TE utilisé pour les calculs de dérive de champ, si non nul [ms] (défaut=0.0ms)
-dcs: chaîne de sélection d'index dans la recette utilisée pour la correction de dérive (liste séparée par des espaces de
'dim=sélection', par exemple te=2)
-dcw: Stockez la dérive de champ dans un fichier avec ce préfixe
-jj: désactiver la correction de dérive de champ
-df: Format de sortie (extension de fichier) des fichiers de vidage (par défaut=nii)
-dg: Désactiver l'interpolation GRAPPA
-dh: Désactiver la reconstruction homodyne
-dm: Désactiver la reconstruction multifréquence basée sur la carte de champ
-dp: Préfixe des fichiers de vidage (default=./dump)
-ds: Désactiver la correction du temps de tranche
-il: Niveau relatif à la valeur moyenne du premier écho pour le réglage du masque de l'ajustement de la décroissance exponentielle
(par défaut=0.50)
-f: liste des formats de sortie séparés par des espaces (extensions de fichiers), les formats possibles sont '3db
analyser asc coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ' (par défaut=nii)
-ff: fonction de filtre k-space (et ses arguments) (options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , par défaut = NoFilter)
-fm: charge les données de fieldmap à partir de ce fichier
-fp: Filtrer la largeur du plateau (0=pas de plateau, 1=plateau complet) (par défaut=0.0)
-gd: Fraction des points k-psace à éliminer dans les lignes d'auto-étalonnage en raison de
résidus (par défaut=0.0)
-gp: Nombre de lignes mesurées voisines de l'espace k utilisées pour l'interpolation GRAPPA
(par défaut=2)
-gr: Nombre de voisins dans le sens de lecture utilisé pour l'interpolation GRAPPA (défaut=5)
-gs: Facteur d'échelle pour la grille utilisée pour le maillage (par défaut=1.0)
-Gt: Stockez les images du modèle GRAPPA
-ip: arguments de ligne de commande pour un traitement supplémentaire des images finales (par défaut = aucun)
-j: Nombre de tâches simultanées (threads) dans reco (par défaut=24)
-kg1j: Fonction noyau pour le maillage 1d de l'espace k (options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , par défaut = Gauss (0.36169))
-kg2j: Fonction noyau pour le maillage 2d de l'espace k (options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , par défaut = Gauss (0.36169))
-kh: Reconstruction de trou de serrure, par exemple pour PROPELLER
-ks: stocker les données de l'espace k
-kw1d: largeur du noyau pour le maillage de l'espace k 1D [Pixel] (par défaut=4.24264Pixel)
-kw2d: largeur du noyau pour le maillage de l'espace k 2D [Pixel] (par défaut=3.0Pixel)
-mf: Nombre maximum de fréquences pour la reconstruction multifréquence (par défaut=256)
-mn: Dans la projection d'intensité maximale à fenêtre coulissante, utilisez ce nombre de voisins dans chaque
direction (par défaut=4)
-Monsieur: récursivité maximale de la reconstruction en attendant les données du tableau, zéro signifie non
récursivité (par défaut=100)
-o: Préfixe des fichiers de sortie (default=./image)
-pc: Combinez la phase des canaux à l'aide d'une correction de phase
-pe: exposant pour la pondération de l'amplitude lors du calcul de la phase combinée de tous les canaux
(par défaut=0.0)
-pf: Nom du fichier FIFO (nommé pipe) pour obtenir les données brutes de
-populaire: Recette pour le post-traitement du volume 3D après la combinaison des canaux (par défaut=null)
-prp: Recette pour le post-traitement du volume 3D avant la combinaison des canaux (par défaut=null)
-pt: Combinez et stockez le temps de phase de tous les canaux
-pz: Compléter les données brutes manquantes (de mesure interrompue) avec des zéros
-qs: Contrôle qualité : vérifiez les pics de données
-rd : vider les données du signal et son protocole dans les fichiers avec ce préfixe, ne pas reconstruire
simples images.
-rf: Lire la recette de reco (mise en page du pipeline) à partir de ce fichier
-rp: recette Reco (mise en page du pipeline)
-s: Sélectionnez certaines plages de dimensions (liste séparée par des espaces de 'dim=selection', par exemple
tranche=3)
-sc: Stockez les images des chaînes séparément au lieu de les combiner
-sp: Phase de stockage en plus de la magnitude
-sw: Reconstruction de fenêtre coulissante, par exemple pour Spiral/HÉLICE
-t1f: Utilisez ce type d'ajustement T1, peut être l'un des 'simple', 'magnitude' (par défaut=simple)
-t1l: Niveau relatif à la valeur moyenne du premier écho pour le réglage du masque de l'ajustement T1 (par défaut=0.50)
-t1m: Limite supérieure pour l'ajustement T1 [ms] (par défaut=3000.0ms)
-à: Timeout pour reco en secondes, 0=infini (par défaut=0)
De type: type de représentation de l'image (options = float automatique double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , par défaut=automatique)
-wdialecte: Écrire des données en utilisant le dialecte donné du format. (la valeur par défaut n'est pas de dialecte)
-wp: Stockez le protocole séparément dans ce fichier.
-zp: Taille minimale de l'image finale dans le sens de la phase obtenu remplissage nul (défaut=0)
-zr: Taille minimale de l'image finale dans le sens de lecture obtenu remplissage nul (défaut=0)
-zs: Taille minimale de l'image finale dans le sens de la tranche obtenue avec un remplissage nul (défaut=0)
-v ou pour déboguer/tracer tous les composants ou un seul
composant, respectivement. Les valeurs possibles pour le niveau de journalisation sont : 0(noLog), 1(errorLog),
2 (journal d'avertissement), 3 (journal d'informations).
-h, --Aidez-moi, -Aide, --version : Imprimer le texte d'aide ou les informations sur la version
Utilisez odinreco en ligne en utilisant les services onworks.net
