Il s'agit de la commande pair_align qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
pair_align - Alignement par paire
SYNOPSIS
paire_align [OPTIONS] -s IN.fa
DESCRIPTION
Le programme permet d'aligner deux séquences à l'aide d'un alignement de programmation dynamique
algorithmes tout en ajustant divers paramètres.
-h, --Aidez-moi
Affiche ce message d'aide.
--version
informations sur la version d'affichage
Options principales :
-s, --séq IN.fa
Fichier FASTA avec deux séquences. Les types de fichiers valides sont : fasta et fa.
-a, --alphabet ALPHABET
Alphabet de séquence. L'un des protéines, de l'adn, de l'arn et du texte. Par défaut : protéine.
-m, --méthode MÉTHODE
Méthode d'alignement DP : Needleman-Wunsch, Gotoh, Smith-Waterman, le plus long commun
Sous-séquence Un parmi nw, gotoh, sw et lcs. Par défaut : gotoh.
-o, --fichier de sortie ARCHIVER
Nom du fichier de sortie. Les types de fichiers valides sont : fa, fasta et msf. Par défaut : out.fasta.
Options de notation :
-g, --gop INT
Écart ouvert pénalité. Défaut: - 11.
-e, --gex INT
Pénalité d'extension de l'écart. Défaut: -1.
-mais, --matrice MATRIX_FILE
Matrice de pointage.
-SP, --msc INT
Score des matchs. Par défaut : 5.
-mm, --mmsc INT
Pénalité de non-concordance. Défaut: -4.
Options d'alignement à bandes :
il, --meugler INT
Diagonale inférieure.
-salut, --haute INT
Diagonale supérieure.
Options de configuration de la matrice DP :
-c, --config CONF
Configuration de l'alignement. L'un des ffff, ffft, fftf, fftt, ftff, ftft, fttf, fttt,
tfff, tfft, tftf, tftt, ttff, ttft, tttf et tttt.
CONFIGURATION D'ALIGNEMENT
La configuration d'alignement est une chaîne de quatre caractères, chacun étant t ou
F. Toutes les combinaisons sont autorisées. Le sens est le suivant.
tfff Première ligne initialisée avec des 0.
ftff Première colonne initialisée avec des 0.
fftf Recherche la dernière colonne pour le maximum.
ffft Recherche la dernière ligne pour le maximum.
VERSION
pair_align version : 1.1 Dernière mise à jour novembre 2012
Utilisez pair_align en ligne en utilisant les services onworks.net
