Il s'agit de la commande palinéaire qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
palinear - Effectuer une analyse d'association à l'échelle du génome à l'aide d'un modèle linéaire
SYNOPSIS
palinéaire [ de ligne de commande Options ]
DESCRIPTION
palinéaire exécute une régression linéaire sur de grands ensembles de données imputées de manière efficace.
Options
Requis commander en ligne Options
-p, --phéno DOSSIER
Lire les données de phénotype de DOSSIER
-je, --Info DOSSIER
Lire les informations SNP de DOSSIER (par exemple, fichier MLINFO).
-ré, --dose DOSSIER
Nom de fichier du prédicteur SNP (par exemple, MLDOSE/MLPROB).
Optionnel commander en ligne Options
-m, --carte DOSSIER
Nom du fichier de carte, contenant les positions des paires de bases pour chaque SNP.
-n, --nids NUMÉRO
Nombre de personnes à analyser.
-c, --chrome DOSSIER
Chromosome (à transmettre à la sortie).
-o, --dehors DOSSIER
Nom du fichier de sortie (la valeur par défaut est régression.out.txt ).
-Oui, --skipd NUMÉRO
Combien de colonnes à ignorer dans le fichier de prédiction (dose/prob) (la valeur par défaut est 2).
-t, --traits NUMÉRO
Combien de traits sont analysés (la valeur par défaut est 1).
-g, --ngpreds NUMÉRO
Combien de colonnes de prédicteur par marqueur (par défaut 1 = MLDOSE ; sinon, utilisez 2 pour MLPROB).
-une, --séparé DOSSIER
Caractère pour séparer les champs (la valeur par défaut est l'espace).
-r, --But
Utilisez le test de score.
-e, --pas de tête
Ne signalez pas la ligne d'en-tête dans la sortie.
-l --allcov
Déclarez les estimations pour toutes les covariables (grandes sorties !).
-b, --interaction
Quelle covariable utiliser pour l'interaction avec l'analyse SNP (la valeur par défaut est non
interactions, 0).
-k, --interaction_only
J'aime --interaction mais sans covariable agissant en interaction avec SNP (la valeur par défaut est
aucune interaction, 0).
-dans, --mmscore DOSSIER
Test de score sur des échantillons d'individus apparentés. L'argument FILE est le nom d'un
avec l'inverse de la matrice de variance-covariance.
-tu, --robuste
Signaler des erreurs standard robustes (alias sandwich, alias Hubert-White).
--Aidez-moi Imprimer l'aide.
Utilisez palinear en ligne en utilisant les services onworks.net
