parseblast - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

parseblast - Filtrage des paires de segments à score élevé (HSP) de WU/NCBI BLAST.

SYNOPSIS

parseblast [options]

DESCRIPTION

Cette page de manuel documente brièvement les parseblast commander.

Différentes options de sortie sont disponibles, les plus importantes ici sont celles permettant de
Écrire les HSP au format GFF (GFFv1, GFFv2 ou APLOT). Les séquences peuvent être incluses dans le GFF.
enregistrements comme champ de commentaires. De plus, ce script peut également générer les alignements pour
chaque HSP au format ALN, MSF ou tabulaire.

REMARQUE - Si la première ligne de la sortie du programme blast (celle contenant la saveur qui a été
exécuter, disons ici BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN ou TBLASTX), est manquant, le programme suppose
Il contient des enregistrements HSP BLASTN. Assurez-vous donc d'alimenter le script d'analyse.
avec un fichier BLAST bien formaté. Parfois, il n'y a pas d'espace entre les coordonnées HSP et
sa séquence, comme cela arrive parfois dans les sorties Web-Blast ou Paracel-Blast. Maintenant, ceux
les enregistrements sont traités correctement et ce HSP est récupéré ainsi que ceux « standards ».

ATTENTION - Les champs de trame des enregistrements GFF générés avec parseblast contiennent la trame BLAST
(« »., « 1 », « 2 », « 3 ») au lieu des valeurs standard GFF (« »., « 0 », « 1 », « 2 »). Comme cadre pour
le brin inverse doit être recalculé à partir de la longueur de la séquence d'origine, nous suggérons aux utilisateurs de
post-traiter la sortie GFF de ce script avec un filtre approprié qui corrige les images
(au cas où le programme qui va utiliser les enregistrements GFF ne fonctionnerait pas avec le
(images BLAST originales). Nous fournissons l'option de ligne de commande « --no-frame » pour définir les images
"." (ce qui signifie qu'il n'y a pas de cadre).

OPTIONS

Par défaut, parseblast imprime la sortie au format « HSP » (voir ci-dessous). Il utilise les données d'entrée de
ou des fichiers simples/multiples, et écrit sa sortie dans , afin que l'utilisateur puisse rediriger
dans un fichier, mais il pourrait également utiliser le programme comme filtre dans un tube. "-N", "-M", "-P",
Les options « -G », « -F », « -A » et « -X » (ainsi que les versions de nom long pour chacune d'elles) sont mutuellement
exclusifs, et leur ordre de priorité est indiqué ci-dessus.

GFF OPTIONS :

-G, --gff
Imprime la sortie au format GFFv1.

-F, --fullgff
Imprime la sortie au format « alignement » GFFv2 (« cible »).

-UNE, --intrigue
Imprime la sortie au format « alignement » pseudo-GFF APLOT.

-S, --matière
Projection de la sortie GFF par SUJET (par défaut par REQUÊTE).

-Q, --séquence
Ajoutez les séquences de requête et de sujet à l'enregistrement GFF.

-b, --bit-score
Ensemble champ en bits (score d'alignement par défaut).

-je, --score d'identité
Ensemble champ aux Identités (Alignement par défaut).

-Oui, --partitions complètes
Inclure tous les scores pour chaque HSP dans chaque enregistrement GFF.

-tu, --pas de cadre
Définissez tous les cadres sur « . » (GFF pour les cadres non disponibles).

-t, --compact-tags
Coordonnées cibles + brin + cadre sous forme courte (PAS de GFFv2 !).

ALIGNEMENT OPTIONS :

-P, --par paires
Imprime l'alignement par paires pour chaque HSP au format TBL.

-M, --msf
Imprime l'alignement par paires pour chaque HSP au format MSF.

-N, --aln
Imprime l'alignement par paires pour chaque HSP au format ALN.

-W, --afficher-coordonnées
Ajoute des positions de début/fin à la sortie d'alignement.

GÉNÉRAL OPTIONS :

-X, --étendu
Sortie étendue (production d'enregistrements de sortie multilignes).

-c, --commentaires
Inclure les paramètres du programme Blast sous forme de commentaires.

-n, --Sans commentaires
Ne pas imprimer les lignes « # » (sortie brute sans commentaires).

-dans, --verbeux
Avertissements envoyés à .

--version
Imprime la version du programme et quitte.

-h, --Aidez-moi
Affiche cette aide et quitte.

SORTIE FORMAT :

« S_ » signifie « Subject_Sequence » et « Q_ » « Query_Sequence ». le nom est pris
à partir du fichier blast d'entrée. sont calculés à partir de et positions sur
fichier blast original. est obtenu à partir du fichier blast s'il est présent, sinon il est défini sur
".". est défini sur Score d'alignement par défaut, vous pouvez le modifier avec "-b" et "-i".
Si les options « -S » ou « --subject » sont données, les champs QUERY sont référencés à SUBJECT et
Les champs SUJET sont relatifs à REQUÊTE (ceci n'est disponible que pour les enregistrements de sortie GFF).
Les points ("...") signifient que la description de l'enregistrement continue sur la ligne suivante, mais
l'enregistrement est imprimé sous la forme d'un enregistrement sur une seule ligne par parseblast.

[HSP] <- (Cette is le DEFAULT SORTIE FORMAT)
: ...
... ...
... : ...
... : ...
... :

[GFF]
hsp

[COMPLET [GFF] <- (GFF montrant alignement Les données)
hsp ...
... Cible " " ...
... E_valeur Brin Cadre

[APLOT] <- (GFF le format améliorée pour PARCELLE programme)
: hsp : : ...
... : : : ...
... # E_valeur

[ÉTENDU]
CORRESPONDRE( ): x
SCORE( ):
BITSC( ):
ATTENDEZ-VOUS( ): Psum( )
IDENT( ): / : %
T_GAP( ):
CADRE( ): /
STRND( ): /
MXLEN( ):
REQUÊTE( ): longueur : lacunes : ...
... : : :
SBJCT( ): longueur : lacunes : ...
... : : :

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