Il s'agit de la commande patmatdbe qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
patmatdb - Recherche des séquences protéiques avec un motif de séquence
SYNOPSIS
patmatdb -séquence suite -motif string -fichier de sortie rapport
patmatdb -Aide
DESCRIPTION
patmatdb est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Protein:Motifs".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
Requis
-motif string
Les modèles pour patmatdb sont basés sur le format de modèle utilisé dans la base de données PROSITE.
Par exemple : « [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C' signifie deux Asps ou Glus dans n'importe quel ordre suivis
par His, Ser, tout résidu autre que Pro, puis deux de tout résidu suivi de Pro
suivi de deux à quatre résidus quelconques suivis de Cys. La recherche est
indépendant de la casse, donc « AAA » correspond à « aaa ».
Sortie
-fichier de sortie rapport
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