pbalign - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

pbalign - Mappage des séquences PacBio aux références

DESCRIPTION

utilisation : pbalign [-h] [--verbose] [--version] [--profile] [--debug]

[--regionTable REGIONTABLE] [--configFile CONFIGFILE] [--pulseFile PULSEFILE]
[--algorithme {blasr,bowtie,gmap}] [--maxHits MAXHITS] [--minAnchorSize
MIANCHORSIZE] [--useccs {useccs,useccsall,useccsdenovo}] [--noSplitSubreads]
[--concordant] [--nproc NPROC] [--algorithmOptions ALGORITHMOPTIONS]
[--maxDivergence MAXIVERGENCE] [--minAccuracy MINACCURACY] [--minLength MINLENGTH]
[--scoreFunction {alignerscore,editdist,blasrscore}] [--scoreCutoff SCORECUTOFF]
[--hitPolicy {randomest,allbest,random,all,leftmost}] [--filterAdapterOnly]
[--forQuiver] [--loadQVs] [--byread] [--metrics MÉTRIQUES] [--seed SEED] [--tmpDir
TMPDIR] nom du fichier d'entrée chemin de référence nom du fichier de sortie

Mapper des séquences PacBio à des références à l'aide d'un algorithme sélectionné parmi une sélection de
algorithmes d'alignement de ligne de commande pris en charge. L'entrée peut être un fasta, pls.h5, bas.h5 ou
ccs.h5 ou un fofn (fichier de noms de fichiers). La sortie est au format cmp.h5 ou sam.

positionnel arguments:
nomFichier d'entrée
Le fichier d'entrée peut être un fichier fasta, plx.h5, bax.h5, ccs.h5 ou un fichier fofn.

chemin de référence
Soit un fichier fasta de référence, soit un référentiel de référence.

nomFichier de sortie
Le fichier cmp.h5 ou sam de sortie.

facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter

--verbeux, -v
Définir le niveau de verbosité

--version
afficher le numéro de version du programme et quitter

--profil
Imprimer le profil d'exécution à la sortie

--déboguer
Capturez les exceptions dans le débogueur (nécessite ipdb)

--regionTable RÉGIONAL
Spécifiez une table de régions pour filtrer les lectures.

--configFichier FICHIER DE CONFIGURATION
Spécifiez un ensemble de valeurs d'argument définies par l'utilisateur.

--pulseFichier FICHIER D'IMPULSIONS
Lorsque les lectures d'entrée sont au format fasta et que la sortie est un cmp.h5, cette option peut spécifier
pls.h5 ou bas.h5 ou fichiers FOFN à partir desquels les métriques d'impulsion peuvent être chargées pour Quiver.

--algorithme {blasr, nœud papillon, gmap}
Sélectionnez un algorithme parmi ('blasr', 'bowtie', 'gmap'). L'algorithme par défaut est blasr.

--maxHits MAXHITS
Le nombre maximum de correspondances de chaque lecture avec la séquence de référence qui sera
évalué. La valeur par défaut est 10.

--minAnchorSize TAILLE MINACHE
La taille minimale de l'ancre définit la longueur de la lecture qui doit correspondre à la
séquence de référence. La valeur par défaut est 12.

--useccs {useccs,useccsall,useccsdenovo}
Mappez d'abord la ccsSequence au génome, puis alignez les sous-lectures sur l'intervalle qui
le CCS lit mappé à.

useccs : ne mappe que les sous-lectures qui s'étendent sur la longueur de
le gabarit.

useccsall : mappe toutes les sous-lectures.
useccsdenovo : mappe uniquement les ccs.

--noSplitSubreads
Ne divisez pas les lectures en sous-lectures même si des régions de sous-lectures sont disponibles. Défaut
la valeur est Faux.

--concordant
Mapper les sous-lectures d'un ZMW au même emplacement génomique.

--nproc NPROC
Le nombre de fils. La valeur par défaut est 8.

--AlgorithmOptions OPTIONS D'ALGORITHME
Passez les options d'alignement à travers.

--maxDivergence DIVERGENCE MAXIMALE
Le pourcentage de divergence maximal autorisé d'une lecture à partir de la séquence de référence.
La valeur par défaut est 30.

--minPrécision EXACTITUDE
Le pourcentage de précision minimum des alignements qui seront évalués. Valeur par défaut
est 70.

--Longueur minimale LONGUEUR MINIMALE
La longueur de lecture alignée minimale des alignements qui seront évalués. Valeur par défaut
est 50.

--scoreFonction {alignerscore, editdist, blasrscore}
Spécifiez une fonction de score pour évaluer les alignements.

alignerscore : score de l'aligneur dans le tag SAM 'as'.
editdist : édite la distance entre la lecture et la référence. blasrscore : blasr
fonction de score par défaut.

La valeur par défaut est alignerscore.

--scoreCutoff COUPE DE POINTAGE
Le pire score pour produire un alignement.

--hitPolitique {aléatoire,tout,aléatoire,tout,le plus à gauche}
Spécifiez une politique sur la façon de traiter les appels multiples

aléatoire : sélectionne un coup aléatoire.

all : sélectionne tous les hits.

mieux
: sélectionne tous les meilleurs scores.

randombest : sélectionne un coup aléatoire parmi tous les meilleurs scores.
le plus à gauche : sélectionne un coup qui a le meilleur score et le

plus petite coordonnée de mappage dans n'importe quelle référence.
La valeur par défaut est randombest.

--filterAdapterOnly
Si spécifié, ne signalez pas les hits de l'adaptateur uniquement à l'aide d'annotations avec la référence
l'entrée.

--forQuiver
Le fichier cmp.h5 de sortie qui sera trié, chargé avec les informations QV d'impulsion, et
remballé, afin qu'il puisse être consommé directement par carquois. Cela nécessite la saisie
au format PacBio bas/pls.h5, et --useccs doit être Aucun. La valeur par défaut est
Faux.

--loadQVs
Similaire à --forQuiver, la seule différence est que --useccs peut être spécifié.
La valeur par défaut est Faux.

--byread
Charger les informations d'impulsion en utilisant -par lecture option au lieu de -bymétrique. Ne fonctionne que lorsque
--forQuiver or --loadQVs sont fixés. La valeur par défaut est Faux.

--métrique MÉTRIQUE
Charger les métriques spécifiées (liste délimitée par des virgules) au lieu des métriques par défaut
requis par carquois. Cette option ne fonctionne que lorsque --forQuiver or --loadQVs sont fixés.
Par défaut : DeletionQV,DeletionTag,InsertionQV,MergeQV,SubstitutionQV

--la graine
Initialisez le générateur de nombres aléatoires avec un entier non nul. Zéro signifie que
l'heure système actuelle est utilisée. La valeur par défaut est 1.

--tmpDir TMPDIR
Spécifiez un répertoire pour enregistrer les fichiers temporaires. La valeur par défaut est /rayure.

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