Il s'agit de la commande proalign qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
proalign - un programme d'alignement multiple probabiliste
SYNOPSIS
proaligner [OPTIONS]
DESCRIPTION
Seule une utilisation limitée du programme est possible à partir de la ligne de commande. Mieux utiliser la version avec
GUI (démarrer sans OPTIONS).
OPTIONS
-nogui forcer la ligne de commande
-seqfile= fichier>
-treefile= fichier>
-nouvel arbre
calculer un nouvel arbre guide
-échantillon
exemple de chemin de retraçage ; si non donné, Viterbi est choisi
-delta= delta> or -delta=estimation
si non donné, la valeur par défaut est utilisée
-epsilon= epsilon> or -epsilon=estimer
si non donné, la valeur par défaut est utilisée
-gapfreq= fréquence>
si non donné, la valeur par défaut est utilisée
-gapprob= substitution probabilité>
si non donné, la valeur par défaut est utilisée
-largeur= bande largeur>
si non donné, la valeur par défaut est utilisée
-distscale= en échelon facteur>
pour les longueurs de branches
-pas de correction
pas de correction pour les distances par paires sur le calcul de l'arbre guide
-pas de traînée
pas de correction de séquence de fin
-suivant= séquence de la plateforme prothétique longueur>
pour les extrémités manquantes
-pénaliser=vrai, or = faux
pénaliser les écarts d'extrémité sur les alignements par paires pour l'arbre de guidage
-écrire signifie
écrire la probabilité postérieure moyenne des sites
-écrire tout
écrire la probabilité postérieure de chaque nœud
-écrivain
écrire les probabilités de caractère du nœud racine
-remuer utiliser la table de probabilité WAG
-journée
utiliser la table de probabilité de Dayhoff
-jtt utiliser la table de probabilité JTT
-outfile= fichier>
-outformat=pir, -outformat=msf, -outformat=philip, or -outformat=lien
format de sortie
-silencieux pas de journal
Utilisez proalign en ligne en utilisant les services onworks.net
