Il s'agit de la commande pynast qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
PyNAST - alignement de courtes séquences d'ADN
SYNOPSIS
pynaste [Options] {-je entrée_fp -t modèle_fp}
DESCRIPTION
[] indique une entrée facultative (ordre sans importance) {} indique une entrée requise (ordre
sans importance)
Exemple usage:
pynaste -i mon_entrée.fasta -t mon_modèle.fasta
OPTIONS
--version
afficher le numéro de version du programme et quitter
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-t MODÈLE_FP, --template_fp=MODÈLE_FP
chemin d'accès au fichier d'alignement du modèle [REQUIS]
-i ENTREE_FP, --input_fp=ENTRÉE_FP
chemin d'accès au fichier fasta [OBLIGATOIRE]
-v, --verbeux
État de l'impression et autres informations pendant l'exécution [par défaut : False]
-p MIN_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
pourcentage minimum d'identité de séquence pour considérer une séquence comme une correspondance [par défaut : 75.0]
-l MIN_LEN, --min_len=MIN_LEN
longueur de séquence minimale à inclure dans l'alignement NAST [par défaut : 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
méthode pour effectuer un alignement par paires [par défaut : uclust]
-a FASTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
chemin pour stocker le fichier d'alignement résultant [par défaut : dérivé du chemin du fichier d'entrée]
-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
chemin pour stocker le fichier journal [par défaut : dérivé du chemin du fichier d'entrée]
-f ÉCHEC_FP, --failure_fp=ÉCHEC_FP
chemin pour stocker le fichier des séquences qui ne s'alignent pas [par défaut : dérivé de l'entrée
chemin du fichier]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALUE
Amorti. Sera supprimé dans PyNAST 1.2
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Amorti. Sera supprimé dans PyNAST 1.2
Utiliser pynast en ligne en utilisant les services onworks.net
