Il s'agit de la commande raster3d qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
Raster3D - package graphique moléculaire
SYNOPSIS
Le Raster3D package graphique moléculaire se compose d'un programme de base rendement et un certain nombre de
programmes auxiliaires (boules, raster, tiges) qui produisent des fichiers d'entrée pour le rendu à partir de PDB
(Protein Data Bank) fichiers de coordonnées atomiques. Raster3D peut également rendre des images composées
en utilisant d'autres programmes tels que ÉCRIT MOLSCRIPT [Per Kraulis (1991), J. Appl. Cristal. 24, 946-950].
Raster3D est disponible gratuitement. Si vous utilisez le package pour préparer des figures à publier,
s'il vous plaît donner le crédit approprié aux auteurs. La citation appropriée pour la version actuelle est
Merritt & Bacon (1997).
Bacon et Anderson (1988) J. Molec. Graphiques 6, 219-220.
Merritt & Murphy (1994) Acta Cryst. D50, 869-873.
Merritt & Bacon (1997) Méth. Enzymol. 277, 505-524.
DESCRIPTION
Raster3D utilise un algorithme de tampon Z rapide pour produire des images de pixels de haute qualité comportant un
source de lumière d'ombrage, sources de lumière supplémentaires sans ombre, surbrillance spéculaire,
la transparence et les surfaces ombrées de Phong. La sortie se présente sous la forme d'une image de pixels avec 24
bits d'informations de couleur par pixel. Raster3D ne dépend pas du matériel graphique.
Les formats de sortie d'image suivants sont pris en charge : AVS, JPEG, PNG, TIFF et SGI libimage.
Pour visualiser ou manipuler réellement les images produites, vous devez également avoir installé une image
package de visualisation (par exemple ImageMagick de John Cristy ou les utilitaires SGI libimage). Un filtre
utilitaire avs2ps est inclus dans le package qui peut convertir un flux de sortie au format AVS
directement à une image PostScript monochrome tramée.
Bien que Raster3D ne soit pas conçu comme un package de lancer de rayons à usage général, rien dans le
Le processus de rendu est spécifique aux graphiques moléculaires.
EXEMPLES
En utilisant uniquement des programmes inclus dans la distribution Raster3D, on peut créer et rendre l'espace-
modèles de remplissage, modèles de boule et de bâton, modèles de ruban et chiffres composés de n'importe quel
combinaison de ceux-ci. L'ensemble de commandes suivant produirait une figure composite de
une métalloprotéine contenant du Fe avec une représentation en ruban légèrement ombrée de la
protéine et sphères dessinées pour les atomes de Fe :
#
# Dessinez un ruban lisse avec le schéma de couleurs par défaut 2,
# enregistrer la description (avec les enregistrements d'en-tête) dans Rib.r3d
#
protéine de chat.pdb | ruban -d2 > ruban.r3d
#
# Extraire uniquement les atomes de Fe et dessiner comme des sphères.
# Les informations sur les couleurs sont extraites du fichier de couleurs.
# Enregistrer la description (sans enregistrement d'en-tête) dans irons.r3d
#
grep "FE" protein.pdb | fichier de couleurs chat - | boules -h > fers.r3d
#
# combiner les deux descriptions et rendre une image PNG
#
chat ruban.r3d fers.r3d | rendu > image.png
L'utilisation intégrée de MOLSCRIPT/Raster3D/ImageMagick permet de décrire, de restituer et de visualiser
Représentations 3D de figures MOLSCRIPT existantes :
molscript -r infile.dat | rendre | afficher png:-
SOURCE
web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html
communiquer avec:
Ethan A. Merritt
Université de Washington, Seattle WA 98195
[email protected]
Utiliser raster3d en ligne à l'aide des services onworks.net
