repeatoire - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

repeatoire - fait partie du package mauveAligner

DESCRIPTION

Autorisé options:
--allow-redondant argument (=1)
autoriser les alignements redondants ?

--chaîne argument (=1)
graines de chaîne?

--se déployer argument (=1)
effectuer une extension espacée sur les chaînes ?

--la fenêtre argument (=-1)
taille de la fenêtre à utiliser pendant l'extension espacée

--gapopen argument (=0)
écart ouvert pénalité

--gapextend argument (=0)
pénalité d'extension d'écart

--h argument (=0.00800000038)
Transition vers homologue

--Aidez-moi recevoir un message d'aide

--plus haut arg (=procrast.highest) fichier contenant l'alignement de score le plus élevé
pour chaque multiplicité

--je argument (=1)
longueur minimale de répétition

--grandes répétitions argument (=0)
optimiser pour les grandes répétitions

--load-sml argument (=0)
essayer de charger le fichier SML existant ?

--seulementdirect argument (=0)
traiter uniquement les correspondances de graines sur le même brin ?

--seulement étendu argument (=0)
ne sortir que des correspondances étendues ?

--output arg
sortie procrastAligner

--centid argument (=0)
min répéter la famille % id

--novel-sous-ensembles argument (=0)
trouver de nouvelles correspondances de sous-ensembles ?

--roman-matchs argument (=1)
utiliser de nouvelles correspondances trouvées lors de l'extension avec écart ?

--rmax argument (=500)
multiplicité de répétition maximale (nombre de copies max)

--rmin argument (=2)
multiplicité de répétition minimale (nombre de copies min)

--des graines arg
fichier de sortie de départ

--séquence arg
Fichier de séquence FastA

--petites-répétitions argument (=0)
optimiser pour les petites répétitions

--score-out arg
sortie avec le score correspondant et les informations d'alignement

--solide argument (=0)
utiliser des graines solides/exactes ?

--sp argument (=0)
score d'alignement minimal de la somme des paires

--tandem argument (=1)
autoriser les répétitions en tandem ?

--deux-coups argument (=0)
besoin de deux hits dans w pour déclencher l'extension espacée ?

--tu argument (=0.00100000005)
Transition vers non lié

--désaligner argument (=1)
désaligner une séquence non homologue ?

--w argument (=0)
largeur maximale de l'espace

--xmfa arg
Sortie au format XMLFA

--xml arg
Sortie au format XML

--z argument (=0)
poids des graines

Utiliser répétoire en ligne en utilisant les services onworks.net