Il s'agit de la commande sak qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
sak - Découpage et découpage de fichiers FASTA/FASTQ.
SYNOPSIS
sak [OPTIONS] [\Bo OUT.{fa,fq}] IN.{fa,fq}
DESCRIPTION
"Ça tranche, ça dés et ça fait le linge !"
Réécriture de l'outil SAK original par Manuel Holtgrewe.
-h, --Aidez-moi
Affiche ce message d'aide.
--version
informations sur la version d'affichage
Options de sortie :
-o, --out-chemin FASTX
Chemin d'accès au fichier résultant. S'il est omis, le résultat est imprimé sur stdout. Utiliser des fichiers
se terminant par .fq ou . pour écrire FASTQ. Les types de fichiers valides sont : .fq, .fastq, .fa,
.fasta, .faa, .ffn, .fna et .frn.
-rc, --revcomp
Sortie de complément inversé.
-l, --longueur maximale LEN
Nombre maximal de caractères de séquence à écrire.
Options de filtre :
-s, --séquence NUM
Sélectionnez la séquence donnée pour l'extraction par index de base 0.
- sn, --séquence-nom Nom
Sélectionnez la séquence avec le préfixe du nom étant NAME.
-ss, --séquences GAMME
Sélectionnez les séquences de-à où de et à sont des indices basés sur 0.
-i, --infixe GAMME
Sélectionnez les caractères de à où de et à sont des indices basés sur 0.
-ll, --longueur de la ligne LEN
Définir la longueur de ligne dans le fichier de sortie. Voir la section Longueur de ligne pour plus de détails. Dans la gamme
[-1..inf].
LONGUEUR DE LA LIGNE
Vous pouvez utiliser le paramètre --longueur de la ligne pour définir la longueur de ligne résultante. Par
par défaut, les séquences dans les fichiers FASTA sont écrites avec au plus 70 caractères par ligne
et les séquences dans les fichiers FASTQ sont écrites sans aucun saut de ligne. La qualité
La séquence dans le fichier FASTQ est écrite de la même manière que la séquence résiduelle.
La valeur par défaut est sélectionnée avec un --longueur de la ligne valeur de -1 et les sauts de ligne peuvent être
désactivé avec une valeur de 0.
EXEMPLES D'UTILISATION
Sak -s 10 IN.fa
Découpez la 11ème séquence de IN.fa et écrivez sur la sortie standard en tant que FASTA.
Sak -ss 10-12 -ss 100-200 PO.fq
Découpe du 11e au 12e inclus et du 101e au 199e inclus
depuis IN.fq et écrivez sur stdout en tant que FASTA.
VERSION
version sak : 0.2 Dernière mise à jour novembre 2012
Utilisez sak en ligne en utilisant les services onworks.net
