Il s'agit de la commande scrm qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
scrm - Un simulateur de coalescence précis pour les séquences à l'échelle du génome
SYNOPSIS
msr nsamp nlocus [-hvL] [-r rec L [-l l] [-sr b rec]... ] [-I npop s1 ... sn [M] [-eI t s1
... sn [M]]... [-M M] [-eM t M]... [-m i j M] [-em t i j M]... [-mais M11 M21 ... Mn]
[-ema t M11 M21 ... Mn]... [-es t i p]... [-ej t i j]...] [-n i n] [-En t i n] ...
[-eN t i n]... [-g i a] [-par exemple t i a]... [-G t a] [-par exemple t a]... [-t thêta [-oSFS] [-St b
thêta]... ] [-la graine seed [graine2 graine3]] [-p chiffres]
DESCRIPTION
msr is a coalescent simulateur pour biologiques séquences. Différents à similaires programmes, il
peut approximer le graphe de recombinaison ancestrale avec une précision arbitraire. Ceci permet
vous permet de simuler rapidement de longues séquences avec une liaison génétique essentiellement correcte entre
sites.
OPTIONS
Recombinaison :
-r R L Réglez le taux de recombinaison sur R et la longueur du locus sur L.
-sr p R
Modifiez le taux de recombinaison R à la position de séquence p.
-l l Réglez la longueur de la fenêtre d'approximation sur l.
Population Structure:
-I npop s1 ... sn [M]
Utiliser un modèle insulaire avec des populations npop,
où les individus s1 à sn sont échantillonnés dans chaque population. Supposons éventuellement un
taux de migration symétrique de M.
-eI t s1 ... sn [M]
Échantillonnez les individus s1 à sn de leur
populations correspondantes au temps t.
-M M Supposons un taux de migration symétrique de M/(npop-1).
-eM t M
Changez le taux de migration symétrique en M/(npop-1) au temps t.
-m i j M
Fixer le taux de migration de la population j vers la population i vers M
-em t i j M
Fixer le taux de migration de la population j à
population i à M au temps t.
-mais M11 M21 ...
Définit la matrice de migration (vers l'arrière).
-ema t M11 M21 ...
Modifie la matrice de migration au temps t
-es t i p
Mélange de population. Remplace une fraction de 1-p de la population i par des individus a
à partir de la population npop + 1 qui est ignorée par la suite (avance dans le temps).
-ej t i j
Événement de spéciation à l'instant t. Crée la population j à partir des individus de la population i.
Population Format Transformations :
-n i n Définissez la taille actuelle de la population i sur n*N0.
-En t i n
Changez la taille de la population i en n*N0 au temps t.
-eN t n
Définissez la taille actuelle de toutes les populations sur n*N0.
-g i a Fixez le taux de croissance exponentiel de la population i à a.
-par exemple t i a
Changez le taux de croissance exponentiel de la population i en a à l'instant t.
-G a Fixez le taux de croissance exponentiel de toutes les populations à a.
-par exemple t a
Changez le taux de croissance exponentiel de toutes les populations en a au temps t.
Résumé Statistiques:
-t THETA
Définissez le taux de mutation sur THETA = 4N_0u, où u est le taux de mutation neutre par
lieu.
-T Imprimez les généalogies locales au format newick.
-O Imprimez les généalogies locales au format Forêt Orientée.
-L Imprimez le TMRCA et la longueur de l'arbre local pour chaque segment.
-oSFS Imprimez le spectre de fréquence du site. Nécessite de définir le taux de mutation.
-SC [ms|rel|abs]
Mise à l'échelle des positions de séquence. Soit par rapport à la longueur du locus entre 0 et 1
(rel), absolu en paires de bases (abs) ou ms-like (ms).
Autres:
-la graine [GRAINES2 GRAINES3]
La graine aléatoire à utiliser. Prend trois nombres entiers.
-v, --version
Imprime la version de scrm.
-h, --Aidez-moi
Imprime ce texte.
-p chiffres
Nombre de chiffres significatifs utilisés dans la sortie.
Exemples
Cinq indépendant les sites pour 10 individus grâce à Kingman's Coalescent :
msr 10 5 -t 10
A séquence of 10kb à partir de 4 individus sous le exacte ARG :
msr 4 1 -t 10 -r 4 10000
A séquence of 100Mb grâce à le SMC' approximation:
msr 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0
Béton as ci-dessus, mais avec essentiellement correct lien:
msr 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000
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