Il s'agit de la commande seq-gen qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
seq-gen - Générateur de séquences
SYNOPSIS
génération séquentielle [-m MODÈLE] [-l #] [-n #] [-p #] [-s # | -d #] [-k #][-c #1 #2 #3 | -a # [-g #]]
[-fe | #] [-t # | -r #][-z #] [-o[p][r][n]] [-w[a][r]] [-x NOM] [-q] [-h] [arborescence]
DESCRIPTION
Générateur de séquences - seq-gen Version 1.3.3
-l: # = longueur de la séquence [par défaut = 1000].
-n: # = jeux de données simulés par arbre [par défaut = 1].
-p: # = nombre de partitions (et d'arbres) par séquence [défaut = 1].
-s: # = facteur d'échelle de longueur de branche [par défaut = 1.0].
-d: # = échelle totale de l'arbre [par défaut = utiliser la longueur des branches].
-k: # = utilise la séquence k comme ancestrale (a besoin d'un alignement) [par défaut = aléatoire].
Options de modèle de substitution :
-m: MODÈLE = HKY, F84, GTR, JTT, WAG, PAM, BLOSUM, MTREV, GENERAL
HKY, F84 et GTR sont pour les nucléotides, le reste pour les acides aminés
-a: # = forme (alpha) pour l'hétérogénéité du taux gamma [par défaut = aucun].
-g: # = nombre de catégories de taux gamma [par défaut = continu].
-i: # = proportion de sites invariables [défaut = 0.0].
Options spécifiques au modèle nucléotidique :
-c: #1 #2 #3 = taux d'hétérogénéité de la position des codons [par défaut = aucun].
-t: # = rapport transition-transversion [par défaut = taux égal].
-r: #1 #2 #3 #4 #5 #6= matrice de taux générale [par défaut = tout 1.0].
-f: #A #C #G #T = fréquences nucléotidiques [par défaut = tous égaux].
Options spécifiques au modèle d'acides aminés :
préciser à l'aide de la commande ARNDCQEGHILMFPSTWYV
-r: #1 .. #190 = matrice de taux générale [par défaut = tout 1.0].
-f: #1 .. #20 = fréquences d'acides aminés e=equal [default = matrice freqs].
Options diverses :
-z: # = graine pour le générateur de nombres aléatoires [par défaut = généré par le système].
-o: Format du fichier de sortie [par défaut = PHYLIP]
p Format PHYLIP r Format PHYLIP détendu n Format NEXUS
-w: Écrivez des informations supplémentaires [par défaut = aucune]
a Écrire des séquences ancestrales pour chaque nœud r Taux d'écriture pour chaque site
-x: NAME = un fichier texte à insérer après chaque jeu de données [par défaut = aucun].
-h: Donnez ce message d'aide
-q: Calmer
treefile : nom du fichier d'arbre [par défaut = arbres sur stdin]
Utiliser seq-gen en ligne à l'aide des services onworks.net
