Il s'agit de la faucille de commande qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
faucille - outil de rognage adaptatif fenêtré pour les fichiers FASTQ utilisant la qualité
SYNOPSIS
faucille [Options]
DESCRIPTION
## Utilisation
Sickle dispose de deux modes pour fonctionner avec les lectures appariées et simples : « sickle se » et
« pe faucille ».
L'exécution de la faucille par elle-même imprimera l'aide :
faucille
L'exécution de la faucille avec les commandes "se" ou "pe" donnera une aide spécifique à ceux
commandes:
faucille
faucille pe
### Sickle Single End (`faucille se`)
`sickle se` prend un fichier fastq d'entrée et génère une version découpée de ce fichier. Ça aussi
a des options pour modifier les seuils de longueur et de qualité pour le rognage, ainsi que pour désactiver
Découpage en 5' et activation de la troncature des séquences avec Ns.
#### Exemples
faucille se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq
faucille se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -q 33 -l 40
faucille se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -x -n
faucille se -t sanger -g -f input_file.fastq -o trimmed_output_file.fastq.gz
### Sickle Paired End (`faucille pe`)
`sickle pe` peut fonctionner avec deux types d'entrée. Premièrement, il peut prendre deux fichiers appairés
en entrée et en sortie deux fichiers appariés coupés ainsi qu'un fichier "simple". La deuxième
le formulaire commence par un seul fichier d'entrée combiné de lectures où vous avez déjà entrelacé
les lectures du séquenceur. Dans ce formulaire, vous fournissez également un seul nom de fichier de sortie comme
ainsi qu'un fichier "single". Le fichier "singles" contient les lectures qui ont passé le filtre dans l'un ou l'autre
la direction avant ou arrière, mais pas l'autre. Enfin, il existe une option (-M) pour
ne produit qu'un seul fichier de sortie entrelacé où toutes les lectures qui n'ont pas réussi le filtre seront
sortie sous forme d'enregistrement FastQ avec un seul "N" (dont la valeur de qualité est la plus faible possible
en fonction du type de qualité), préservant ainsi la nature appariée des données. Vous pouvez également
modifier les seuils de longueur et de qualité pour le rognage, ainsi que désactiver le rognage 5' et
permettre la troncature des séquences avec Ns.
#### Exemples
faucille pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq
faucille pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq
-q 12 -l 15
faucille pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq
-n
faucille pe -c combo.fastq -t sanger -m combo_trimmed.fastq -s
trimmed_singles_file.fastq -n
faucille pe -t sanger -g -f fichier_entrée1.fastq -r fichier_entrée2.fastq -o
trimmed_output_file1.fastq.gz -p trimmed_output_file2.fastq.gz -s
trimmed_singles_file.fastq.gz
faucille pe -c combo.fastq -t sanger -M combo_trimmed_all.fastq
Commande : pe rognage de séquence à extrémité appariée se rognage de séquence à extrémité unique
--Aidez-moi, affichez cette aide et quittez --version, Affiche les informations de version et quitte
Utiliser faucille en ligne en utilisant les services onworks.net
