Il s'agit de la commande sirnae qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
sirna - Trouve les duplex de siRNA dans l'ARNm
SYNOPSIS
sirène -séquence suite [-polii booléen] [-aa booléen] [-tt booléen] [-polybase booléen]
-fichier de sortie Ecojustice -suite suite [-le contexte booléen]
sirène -Aide
DESCRIPTION
sirène est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Il fait partie de la commande "Nucléique:Sites fonctionnels,Nucléique:Structure 2D"
groupes).
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
Séquence contribution Options
-polii booléen
Cette option vous permet de sélectionner uniquement les 21 sondes de base qui commencent par une purine et
peut donc être exprimé à partir de vecteurs d'expression Pol III. C'est le NARN(17)Modèle YNN
qui a été suggéré par Tuschl et al. Valeur par défaut : N
-aa booléen
Cette option vous permet de sélectionner uniquement les 23 régions de base commençant par AA. Si
cette option n'est pas sélectionnée alors les régions commençant par AA seront favorisées en donnant
leur un score plus élevé, mais les régions qui ne commencent pas par AA seront également signalées.
Valeur par défaut : N
-tt booléen
Cette option vous permet de sélectionner uniquement les 23 régions de base qui se terminent par TT. Si ce
n'est pas sélectionnée, les régions qui se terminent par TT seront favorisées en leur donnant un
score plus élevé, mais les régions qui ne se terminent pas par TT seront également signalées. Défaut
valeur : N
-polybase booléen
Si cette option est FAUX, alors seules les 23 régions de base qui n'ont pas de répétition de 4 ou
plus de toutes les bases d'affilée seront signalées. Aucune région ne sera jamais signalée comme
avoir 4 G ou plus d'affilée. Valeur par défaut : O
Sortie
-fichier de sortie Ecojustice
La sortie est un tableau des parties directe et inverse du duplex de 21 bases siRNA.
Les séquences avant et arrière sont écrites de 5' à 3', prêtes à être commandées. Les
les deux dernières bases ont été remplacées par 'dTdT'. La position de départ de la base 23
région et la teneur en %GC est également indiquée. Si vous souhaitez voir la base 23 complète
séquence, puis regardez la séquence dans l'autre fichier de sortie, ou utilisez le
qualificateur '-context' qui affichera les 23 bases de la séquence directe dans ce
rapport avec les deux premières bases entre parenthèses. Ces deux premières bases ne font pas partie de
la sonde siRNA à commander.
-suite suite
Il s'agit d'un fichier des séquences des 23 régions de bases que les siRNA sont sélectionnés
de. Vous pouvez l'utiliser pour effectuer des recherches dans les bases de données d'ARNm (par exemple REFSEQ) pour confirmer que
les sondes sont propres au gène sur lequel vous souhaitez les utiliser.
-le contexte booléen
Le fichier de rapport de sortie donne les séquences des 21 régions de siRNA de base prêtes à être
commandé. Cela ne vous donne pas une indication des 2 bases avant les 21 bases. Ce
est souvent intéressant de voir laquelle des régions de sonde possibles suggérées a un « AA »
devant eux (c'est-à-dire qu'il est utile de voir laquelle des 23 régions de base commence par un
'AA'). Cette option affiche l'ensemble des 23 bases de la région avec les deux premières bases
entre parenthèses, par exemple '(AA)' pour vous donner un certain contexte pour la région de la sonde. TU NE DEVRAIS PAS
INCLUEZ LES DEUX BASES DANS LES SUPPORTS LORSQUE VOUS PASSEZ UNE COMMANDE DE SONDES. Défaut
valeur : N
Utilisez sirnae en ligne en utilisant les services onworks.net
