Il s'agit de la commande tophat qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
tophat - TopHat mappe de courtes séquences de transcriptions épissées à des génomes entiers
DESCRIPTION
tophat : TopHat mappe de courtes séquences de transcriptions épissées à des génomes entiers.
Usage:
haut-de-forme [options] [lits1[,lits2,...]] \
[quals1,[quals2,...]] [quals1[,quals2,...]]
OPTIONS
-v/--version
-o/--répertoire-de-sortie
[ par défaut : ./tophat_out ]
--bowtie1
[ par défaut : bowtie2 ]
-N/--incompatibilités de lecture
[ par défaut : 2 ]
--longueur-d'écart-de-lecture
[ par défaut : 2 ]
--lire-éditer-dist
[ par défaut : 2 ]
--lire-réalign-éditer-dist
[ par défaut : « lecture-édition-distribution » + 1 ]
-a/--min-ancre
[ par défaut : 8 ]
-m/--incompatibilités d'épissure
<0-2> [ par défaut : 0 ]
-i/--min-intron-length
[ par défaut : 50 ]
-I/--longueur-max-intron
[ par défaut : 500000 ]
-g/--max-multihits
[ par défaut : 20 ]
--suppress-hits
-x/--transcriptome-max-hits
[ par défaut : 60 ]
-M/--préfiltre-multihits
( pour -G/--Option GTF, active une recherche initiale de nœud papillon sur le génome)
--longueur-d'insertion-max
[ par défaut : 3 ]
--longueur-de-suppression-max
[ par défaut : 3 ]
--solexa-quals
--solexa1.3-qualités
(identique à phred64-quals)
--phred64-quals
(identique à solexa1.3-quals)
-Q/--qualités
--quals-entier
-C/--couleur
(Solide - espace colorimétrique)
--coloration
--type-bibliothèque
(fr-non brin, fr-premier brin, fr-deuxième brin)
-p/--num-threads
[ par défaut : 1 ]
-R/--CV
(essayer de reprendre l'exécution)
-G/--GTF
(GTF/GFF avec transcriptions connues)
--index du transcriptome
(index nœud papillon du transcriptome)
-T/--transcriptome-uniquement
(carte uniquement vers le transcriptome)
-j/--raw-juncs
--insertions
--suppressions
-r/--mate-dist-intérieure
[ par défaut : 50 ]
--mate-std-dev
[ par défaut : 20 ]
--no-novel-juncs
--pas-d'indels-de-roman
--no-gtf-juncs
--pas-de-recherche-de-couverture
--recherche de couverture
--recherche de microexons
--keep-tmp
--tmp-rép
[ défaut:/ Tmp ]
-z/--zpacker
[ par défaut : gzip ]
-X/--fifo non mappé
[utilisez mkfifo pour compresser davantage de fichiers temporaires pour les lectures d'espace colorimétrique]
Avancé Options :
--rapport-alignements-secondaires
--non-discordant
--pas de mélange
--incompatibilités de segment
[ par défaut : 2 ]
--longueur-segment
[ par défaut : 25 ]
--nœud papillon-n
[ par défaut : nœud papillon -v ]
--min-couverture-intron
[ par défaut : 50 ]
--max-coverage-intron
[ par défaut : 20000 ]
--min-segment-intron
[ par défaut : 50 ]
--max-segment-intron
[ par défaut : 500000 ]
--pas-de-tri-bam
(La sortie BAM n'est pas triée par coordonnées)
--no-convert-bam
(Ne pas afficher le format bam. La sortie est /accepted_hits.sam)
--garder-rapidement-l'ordre
--autoriser-le-mappage-partiel
Nœud papillon2 en relation options:
Options prédéfinies dans --de bout en bout mode (l'alignement local n'est pas utilisé dans TopHat2)
--b2-très-rapide
--b2-rapide
--b2-sensible
--b2-très-sensible
Options d'alignement
--b2-N
[ par défaut : 0 ]
--b2-L [ par défaut : 20 ]
--b2-i [ par défaut : S,1,1.25 ]
--b2-n-ceil
[ par défaut : L,0,0.15 ]
--b2-gbar
[ par défaut : 4 ]
Options de notation
--b2-mp
, [ par défaut : 6,2 ]
--b2-np
[ par défaut : 1 ]
--b2-rdg
, [ par défaut : 5,3 ]
--b2-rfg
, [ par défaut : 5,3 ]
--b2-score-min
[ par défaut : L,-0.6,-0.6 ]
Options d'effort
--b2-D [ par défaut : 15 ]
--b2-R [ par défaut : 2 ]
Fusion en relation options:
--fusion-recherche
--fusion-ancre-longueur
[ par défaut : 20 ]
--fusion-min-dist
[ par défaut : 10000000 ]
--fusion-read-mismatches
[ par défaut : 2 ]
--fusion-multireads
[ par défaut : 2 ]
--fusion-multipaires
[ par défaut : 2 ]
--fusion-ignorer-les-chromosomes
[ par exemple, ]
--fusion-ne-résout-pas-les-conflits
[ceci est à des fins de test]
SAM En-tête Options (Pour enrobage séquençage courir métadonnées in production):
--rg-id
(lire l'ID du groupe)
--rg-échantillon
(ID d'échantillon)
--rg-bibliothèque
(identifiant de la bibliothèque)
--rg-description
(chaîne descriptive, aucune tabulation autorisée)
--rg-plateforme-unité
(par exemple, ID de voie Illumina)
--rg-centre
(nom du centre de séquençage)
--rg-date
(date ISO 8601 du séquençage)
--rg-plateforme
(Descripteur de la plateforme de séquençage)
pour une aide détaillée, voir http://tophat.cbcb.umd.edu/manual.html
Utilisez tophat en ligne avec les services onworks.net
