Il s'agit de la commande TransDecoder.Predict qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
Transdecoder - Prédiction des protéines du transcriptome
UTILISATION
Obligatoire:
-t transcriptions.fasta
Options communes :
--retain_long_orfs conserver tous les ORF trouvés qui sont égaux ou plus longs que ces nombreux nucléotides même s'il n'y a aucune autre preuve
le marque comme codage (par défaut : 900 pb => 300aa)
--retain_pfam_hits /chemin/vers/pfam_db.hmm pour rechercher
en utilisant hmmscan (qui devrait être accessible via votre paramètre PATH)
--retain_blastp_hits
Options avancées
--former Fichier FASTA avec ORF pour entraîner Markov Mod à l'identification des protéines ; autrement
ORF non redondants les plus longs utilisés
-T Si non --train, top ORFs les plus longs pour former le modèle de Markov (statistiques hexamères) (par défaut : 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDIT(1)
Utilisez TransDecoder.Predict en ligne en utilisant les services onworks.net
