Il s'agit de la commande ucsc_genes2gffp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ucsc_genes2gff.pl - Convertir les fichiers de gènes au format UCSC Genome Browser en fichiers GFF appropriés
pour le chargement dans gbrowse
SYNOPSIS
% uscsc_genes2gff.pl [options] ucsc_file1 ucsc_file2...
Options :
-src Choisissez une source pour le gène, par défaut "UCSC"
-origine Choisissez une position relative à partir de laquelle numéroter, par défaut
est "1"
DESCRIPTION
Ce script masse les fichiers de gènes disponibles à partir du lien "tables" du génome UCSC
navigateur (genome.ucsc.edu) sous une forme adaptée au chargement de gbrowse. Attention : c'est seulement
fonctionne avec les tables de gènes. D'autres tableaux, tels que les alignements EST, les contours et les répétitions,
ont leurs propres formats qui nécessiteront l'analyse d'autres scripts.
Pour utiliser ce script, obtenez une ou plusieurs tables UCSC, soit à partir du lien "Tables" sur le
navigateur ou à partir du site FTP du navigateur de génome de l'UCSC. Donnez le fichier table comme argument à
ce scénario. Vous souhaiterez peut-être fournir un champ "source" alternatif. Sinon ça
le script par défaut est "UCSC".
% pucsc_genes2gff.pl -src RefSeq refseq_data.ucsc > refseq.gff
Le fichier GFF résultant peut ensuite être chargé dans une base de données Bio::DB::GFF en utilisant ce qui suit
commander:
% bulk_load_gff.pl -d refseq.gff
Utilisez ucsc_genes2gffp en ligne en utilisant les services onworks.net
