Velvetg_63_long - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

Velvetg_63_long - Construction du graphe de Bruijn, suppression des erreurs et résolution des répétitions
(MAXKMERLENGTH = 63, LONGSEQUENCES)

DESCRIPTION

Utilisation : répertoire ./velvetg [options]

annuaire
: nom du répertoire de travail

Standard options:
-cov_coupure
: suppression des nœuds à faible couverture APRÈS le bus de tournée ou permettre au système de l'inférer

(par défaut : pas de suppression)

-ins_longueur
: distance attendue entre deux lectures de fin appariées (par défaut : pas d'appairage de lecture)

-read_trkg
: suivi des positions de lecture courtes dans l'assemblage (par défaut : pas de suivi)

-min_contig_lgth
: longueur minimale de contig exportée vers le fichier contigs.fa (par défaut : longueur de hachage * 2)

-amos_file
: exporter l'assemblage vers un fichier AMOS (par défaut : pas d'exportation)

-exp_cov
 : couverture attendue de régions uniques ou permettre au système de l'inférer

(par défaut : pas de résolution de lecture longue ou appariée)

-long_cov_cutoff : suppression des nœuds avec une faible couverture en lecture longue APRÈS la tournée
bus

(par défaut : pas de suppression)

Avancé options:
-ins_longueur*
 : distance attendue entre deux lectures appariées dans la lecture courte respective
ensemble de données (par défaut : aucun appariement en lecture)

-ins_length_long
: distance attendue entre deux longues lectures appariées (par défaut : pas d'appairage de lecture)

-ins_longueur*_Dakota du Sud
: écart type estimé de l'ensemble de données respectif (par défaut : 10 % de
longueur)

[remplacer '*' par rien, '2' ou '_long' si nécessaire]

-échafaudage
: échafaudage des contigs utilisé les informations de fin appariées (par défaut : activé)

-max_branche_longueur
: longueur maximale dans la paire de base de la bulle (par défaut : 100)

-max_divergence : taux de divergence maximum entre deux branches dans une bulle
(par défaut : 0.2)

-max_gap_count
: nombre maximum d'espaces autorisés dans l'alignement des deux branches d'une bulle
(par défaut : 3)

-min_pair_count
: nombre minimum d'embouts appairés pour justifier l'échafaudage de deux longs
contigs (par défaut : 5)

-max_couverture
: suppression des nœuds à couverture élevée APRÈS le bus de tournée (par défaut : aucune suppression)

-couverture_masque
 : couverture minimale requise pour les régions sûres des contigs (par défaut : 1)

-long_mult_cutoff
: nombre minimum de longues lectures requises pour fusionner les contigs (par défaut : 2)

-unused_reads
: exporte les lectures inutilisées dans le fichier UnusedReads.fa (par défaut : non)

-alignements
: exporte un résumé de l'alignement contig vers les séquences de référence (par défaut : non)

-exportFiltré
: exporte les nœuds longs qui ont été éliminés par les filtres de couverture (par défaut : non)

-nettoyer
: supprime tous les fichiers intermédiaires inutiles pour le recalcul (par défaut :
non)

-très propre
: supprime tous les fichiers intermédiaires (pas de recalcul possible) (par défaut : non)

-paire_exp_fraction
: supprime toutes les connexions d'extrémité appariées qui sont inférieures à la fraction spécifiée de
le nombre attendu (par défaut : 0.1)

-shortMatePaire*
: pour les bibliothèques mate-pair, indiquez que la bibliothèque peut être contaminée par
lectures appariées (par défaut non)

-conserverLong
: préserve les séquences contenant de longues lectures (par défaut non)

Sortie :
répertoire/contigs.fa
: fichier fasta de contigs de plus de deux fois la longueur de hachage

répertoire/stats.txt
: fichier de statistiques (espacement par tabulations) utile pour déterminer le seuil de couverture approprié

répertoire/DernierGraph
: fichier au format spécial avec toutes les informations sur le graphique final

répertoire/velvet_asm.afg
: (si demandé) fichier d'assemblage compatible AMOS

Utilisez Velvetg_63_long en ligne en utilisant les services onworks.net