xcrysden - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

xcrysden - visualiseur de structure cristalline et moléculaire

SYNOPSIS

xcrisden [options-spéciales]
xcrisden [options-spéciales] options-format filet|annuaire

DESCRIPTION

XCrySDen est un programme de visualisation de structure cristalline et moléculaire, qui vise à
affichage d'isosurfaces et de contours, qui peuvent être superposés sur des structures cristallines
et interactivement tourné et manipulé.

SPÉCIALITÉS OPTIONS

-h
--Aidez-moi
Afficher le message d'aide.

-v
--version
Afficher les informations sur la version du programme.

-u id
--utiliser id
Charger XCrySDen intégré dans la fenêtre du conteneur avec window-ID=id.

-r dim
--réduit dim
Réduire la dimension périodique du fichier XSF à dim. Doit être spécifié avant --xsf option,
par exemple : xcrisden -r 2 --xsf filet.

-c filet
--Douane filet
Chargez les définitions personnalisées à partir d'un fichier spécifié (la syntaxe est celle de
~/.xcrysden/définitions personnalisées).

-a filet
--les attributs filet
Charger les attributs à partir du fichier. Le format du fichier d'attributs est le suivant :

COULEUR ÉLÉMENT
numéro-atomique1 red1 blue1 green1
numéro-atomique2 red2 blue2 green2
...
RAYON ÉLÉMENTAIRE
numéro-atomique1 rayon1
numéro-atomique2 rayon2
...

-l filet
--lumières filet
Chargez les paramètres des lumières à partir du fichier formaté des lumières de XCrySDen.

Format OPTIONS

--xsf filet
Chargez la structure à partir du fichier au format XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf filet
--axsf filet
Chargez les structures à partir du fichier au format Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf filet
Chargez les bandes à partir du fichier BXSF (Band-XSF) et visualisez Fermi Surface.

--xmol filet
--xyz filet
Chargez la structure à partir du fichier au format XYZ.

--pdb filet
Chargez la structure à partir du fichier au format PDB.

--gzmat filet
Structure de charge à partir de la matrice Z gaussienne (nécessite le programme Open-Babel).

--gaussian_out filet
--gxx_out filet
--g98_out filet
Chargez la structure à partir du fichier de sortie gaussien. Calcul en un seul point et
l'exécution d'optimisation est prise en charge jusqu'à présent. Pour le cycle d'optimisation, il est possible de
rendre toutes les structures qui ont été produites pendant l'exécution.

--cube filet
--gXX_cube filet
--g98_cube filet
Chargez la structure à partir du fichier de cube gaussien. Le fichier cube doit être produit avec le
Cube=Option Cartes. Seuls les fichiers de cube scalaire sont pris en charge, c'est-à-dire Cube=(Cartes,Densité)
ou Cube=(Cartes,Orbitales) ou Cube=(Cartes,Potentiel). Reportez-vous au manuel GAUSSIAN pour le
sens de ces mots-clés.

--cristal_inp filet
Structure de charge de CRYSTAL (http://httphttps://www.crystal.unito.it/) fichier d'entrée.

--cristal_f9 filet
Structure de charge de CRYSTAL (http://httphttps://www.crystal.unito.it/) fortran unité 9.

--wien_struct en-tête de fichier|filet|annuaire
Structure de charge de WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, où :

en-tête de fichier = nom du fichier struct sans .struct extension,
filet = nom de fichier,
annuaire = nom du répertoire de cas.

--wien_kpath annuaire|fichier_struct
Lire struct fichier et rendre la première zone Brillouin avec des points k spéciaux. Le chemin K peut être
sélectionné de manière interactive en cliquant avec la souris sur les points k spéciaux. L'utilisateur doit spécifier ÉMIN
et EMAX énergies et nombre total de points k le long du chemin. Ce nombre est simplement
une estimation du nombre total de k-points, puisque XCrySDen essaie d'être très uniforme
échantillonnage de k-points le long du chemin (ne pas spécifier WIEN2k nombre maximum autorisé de k-
points, car XCrySDen peut générer quelques points de plus).

--wien_renderdensity annuaire
Lire struct, sortieet rho fichiers et rend la structure cristalline et précalculée
densité de charge.

--wien_densité annuaire
La région 2D ou 3D pour le calcul de la densité de charge est choisie de manière interactive par
clic de souris. XCrySDen génère in5 fichier(s), calcule et rend la densité de charge
soit sous forme d'isolignes/plans de couleur (2D) soit d'isosurfaces (3D).

--wien_fermisurface annuaire
Affichez une fenêtre de tâche pour la création de surface de Fermi. Après plusieurs étapes le Fermi
la surface est (espérons-le) dessinée en tant qu'isosurface 3D.

--fhi_inpini filet
Structure de charge de FHI98MD inp.ini fichier formaté.

--fhi_coord filet
Structure de charge de FHI98MD sortie coord. fichier formaté.

--pwi
--pw_inp filet
Structure de charge de mot de passe.x contribution fichier. mot de passe.x est un programme pseudopotentiel d'onde plane de
la distribution Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out filet
Structure de charge de mot de passe.x sortie fichier. mot de passe.x est un programme pseudopotentiel d'onde plane de
la distribution Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s scénario
--scénario scénario
Charger le script à partir du fichier contenant le script Tcl.

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