xml2dsr - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

xml2dsr - Convertir le fichier DICOM SR et l'ensemble de données en XML

SYNOPSIS

xml2dsr [options] xmlfile-in dsrfile-out

DESCRIPTION

La xml2dsr l'utilitaire convertit le contenu d'un document XML (Extensible Markup Language)
au format DICOM Structured Reporting (SR) (format de fichier ou ensemble de données brutes). Le schéma XML
dsr2xml.xsd ne suit pas encore de format standard. Cependant, le xml2dsr application
pourrait être amélioré dans cet aspect à l'avenir (par exemple en soutenant HL7/CDA - Clinical
architecture documentaire).

Un fichier XML approprié peut être créé à l'aide du dsr2xml outil (option +Xn recommandé à
ajouter une déclaration d'espace de noms XML à l'élément racine).

PARAMETRES

xmlfile-in Nom du fichier d'entrée XML à convertir (stdin : "-")

dsrfile-out nom du fichier de sortie DICOM SR

OPTIONS

général Options
-h --aide
imprimer ce texte d'aide et quitter

--version
imprimer les informations sur la version et quitter

--arguments
imprimer les arguments de ligne de commande étendus

-q --silencieux
mode silencieux, n'imprime aucun avertissement ni erreur

-v --verbeux
mode verbeux, détails de traitement d'impression

-d --débogage
mode de débogage, imprimer les informations de débogage

-ll --log-level [l] niveau : chaîne constante
(fatal, erreur, avertissement, info, débogage, trace)
utiliser le niveau l pour l'enregistreur

-lc --log-config [fichier] nom de fichier : chaîne
utiliser le fichier de configuration f pour l'enregistreur

contribution Options
codage:

+Ee --template-enveloppe
l'élément de modèle contient des éléments de contenu

traitement Options
validation:

+Vs --validate-schema
valider le document XML par rapport au schéma
(pas avec --template-envelope)

# nécessite que libxml soit compilé avec le support XML Schema

+Vn --check-espace de noms
vérifier l'espace de noms XML dans la racine du document

identifiants uniques :

+Ug --generate-new-uids
générer un nouvel UID d'instance d'étude/série/SOP

-Uo --dont-overwrite-uids
ne pas écraser les UID existants (par défaut)

+Uo --overwrite-uids
écraser les UID existants

sortie Options
format de fichier de sortie :

+F --écrire-fichier
format de fichier d'écriture (par défaut)

-F --écrire-ensemble de données
écrire un ensemble de données sans méta-informations de fichier

syntaxe de transfert de sortie :

+t= --write-xfer-même
écrire avec le même TS en entrée (par défaut)

+te --write-xfer-petit
écrire avec un TS VR little endian explicite

+tb --write-xfer-big
écrire avec un TS big endian VR explicite

+ti --write-xfer-implicite
écrire avec VR implicite TS little endian

+td --write-xfer-déflaté
écrivez avec un petit endian TS VR explicite dégonflé

représentations de valeur après 1993 :

+u --enable-new-vr
activer la prise en charge des nouveaux VR (UN/UT) (par défaut)

-u --disable-new-vr
désactiver la prise en charge des nouveaux VR, convertir en OB

codage de la longueur du groupe :

+g= --group-length-recalc
recalculer les longueurs de groupe si présent (par défaut)

+g --group-length-create
toujours écrire avec des éléments de longueur de groupe

-g --group-length-remove
toujours écrire sans éléments de longueur de groupe

codage de longueur dans les séquences et les éléments :

+e --longueur-explicite
écrire avec des longueurs explicites (par défaut)

-e --longueur-indéfinie
écrire avec des longueurs indéfinies

remplissage de fin d'ensemble de données (pas avec --write-dataset):

-p= --padding-retain
ne pas modifier le remplissage (par défaut sinon --write-dataset)

-p --padding-off
pas de remplissage (implicite si --write-dataset)

+p --padding-create [fichier-pad [i]tem-pad : entier
aligner le fichier sur plusieurs octets f
et éléments sur plusieurs i octets

dégonfler le niveau de compression (uniquement avec --write-xfer-deflated) :

+cl --compression-level [l]evel : entier (par défaut : 6)
0=non compressé, 1=le plus rapide, 9=meilleure compression

NOTES

DICOM Conformité
La xml2dsr L'utilitaire prend en charge les classes SOP suivantes :

SpectaclePrescriptionRapportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Stockage SRS amélioré 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Stockage SRS complet 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Stockage 3DSRS complet 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcédureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammographieCADSRSstockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
Coffre CADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRSstockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceutiqueRadiationDoseSRSstockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStockage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Veuillez noter qu'actuellement, seuls les attributs obligatoires et certains attributs facultatifs sont pris en charge.

Personnage Codage
L'encodage des caractères DICOM est déterminé automatiquement à partir de l'élément avec balise
'0008,0005' (Jeu de caractères spécifiques) - si présent. Les jeux de caractères suivants sont
actuellement pris en charge (nécessite libxml pour inclure iconv soutien, voir --version production):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cyrillique "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Arabe "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Grec "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Hébreu "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Les jeux de caractères multiples ne sont pas pris en charge (seule la première valeur du "Caractère spécifique
Set' est utilisé pour l'encodage des caractères en cas de multiplicité des valeurs).

Compression
Si libxml est compilé avec le support zlib, le fichier d'entrée (fichier xml-in) peut également être
compressé avec ZIP, ce qui donne généralement des fichiers beaucoup plus petits. Voir sortie de l'option
--version afin de vérifier si le support zlib est disponible.

Limites
Le schéma XML dsr2xml.xsd ne prend pas en charge toutes les variantes du dsr2xml format de sortie.
Cependant, le format de sortie par défaut (plus l'option --use-xml-espace de noms) devrait marcher.

Différentes versions de libxml semblent avoir des limites différentes pour la longueur maximale d'un
Valeur de l'élément XML. Par conséquent, il faut éviter d'utiliser des valeurs d'élément très longues. UNE
La limite typique pour libxml version 2.7.3 (et supérieure) est de 10 Mo pour une seule valeur d'élément.

Journalisation

Le niveau de sortie de journalisation des divers outils de ligne de commande et des bibliothèques sous-jacentes peut
être spécifié par l'utilisateur. Par défaut, seuls les erreurs et les avertissements sont écrits dans la norme
flux d'erreurs. Utilisation de l'option --verbeux également des messages d'information comme les détails du traitement
sont rapportés. Option --déboguer peut être utilisé pour obtenir plus de détails sur l'activité interne,
par exemple à des fins de débogage. D'autres niveaux de journalisation peuvent être sélectionnés à l'aide de l'option --Journal-
niveau. En --silencieux mode seules les erreurs fatales sont signalées. Dans des événements d'erreur aussi graves,
l'application se terminera généralement. Pour plus de détails sur les différents niveaux de journalisation,
voir la documentation du module 'oflog'.

Dans le cas où la sortie de journalisation doit être écrite dans un fichier (éventuellement avec rotation du fichier journal),
vers syslog (Unix) ou l'option du journal des événements (Windows) --log-config peut être utilisé. Cette
le fichier de configuration permet également de diriger uniquement certains messages vers une sortie particulière
flux et pour filtrer certains messages en fonction du module ou de l'application où ils
Sont générés. Un exemple de fichier de configuration est fourni dans /logger.cfg.

COMMAND LINE

Tous les outils de ligne de commande utilisent la notation suivante pour les paramètres :
valeurs facultatives (0-1), trois points de fin indiquent que plusieurs valeurs sont autorisées
(1-n), une combinaison des deux signifie 0 à n valeurs.

Les options de ligne de commande se distinguent des paramètres par un signe '+' ou '-' en tête,
respectivement. Habituellement, l'ordre et la position des options de ligne de commande sont arbitraires (c'est-à-dire qu'ils
peut apparaître n'importe où). Cependant, si les options s'excluent mutuellement, l'apparence la plus à droite
est utilisé. Ce comportement est conforme aux règles d'évaluation standard des shells Unix courants.

De plus, un ou plusieurs fichiers de commandes peuvent être spécifiés en utilisant un signe '@' comme préfixe pour
le nom du fichier (par exemple @commande.txt). Un tel argument de commande est remplacé par le contenu de
le fichier texte correspondant (les espaces blancs multiples sont traités comme un seul séparateur sauf si
ils apparaissent entre deux guillemets) avant toute évaluation ultérieure. Veuillez noter que
un fichier de commandes ne peut pas contenir un autre fichier de commandes. Cette approche simple mais efficace
permet de résumer les combinaisons courantes d'options/paramètres et évite les
lignes de commande confuses (un exemple est fourni dans le fichier /dumppat.txt).

ENVIRONNEMENT

La xml2dsr L'utilitaire tentera de charger les dictionnaires de données DICOM spécifiés dans le
Dcmdictpath variable d'environnement. Par défaut, c'est-à-dire si le Dcmdictpath variable d'environnement
n'est pas défini, le fichier /dicom.dic sera chargé à moins que le dictionnaire ne soit construit
dans l'application (par défaut pour Windows).

Le comportement par défaut doit être préféré et le Dcmdictpath variable d'environnement uniquement
utilisé lorsque des dictionnaires de données alternatifs sont nécessaires. Les Dcmdictpath variable d'environnement
a le même format que le shell Unix PATH variable en ce qu'un deux-points (':') sépare
entrées. Sur les systèmes Windows, un point-virgule (';') est utilisé comme séparateur. Le dictionnaire de données
le code tentera de charger chaque fichier spécifié dans le Dcmdictpath variable d'environnement. Ce
est une erreur si aucun dictionnaire de données ne peut être chargé.

Utiliser xml2dsr en ligne à l'aide des services onworks.net