Il s'agit de l'application Linux BioEmu, dont la dernière version est téléchargeable sous le nom 0.1.12sourcecode.tar.gz. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée BioEmu avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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BioEmu
DESCRIPTION
L'émulateur biomoléculaire (BioEmu) est un modèle qui échantillonne la distribution d'équilibre approximative des structures d'un monomère protéique, en fonction de sa séquence d'acides aminés. Par défaut, les structures non physiques (conflits stériques ou discontinuités de chaîne) sont filtrées ; le résultat sera donc généralement moins nombreux que prévu. La différence peut être importante si votre protéine présente de grandes régions désordonnées, très susceptibles de produire des conflits. BioEmu génère les structures sous forme de représentation du squelette. Plusieurs outils sont disponibles pour reconstruire les chaînes latérales. Par exemple, nous interagissons avec HPacker pour la reconstruction des chaînes latérales et fournissons également les outils de base pour réaliser un équilibrage par dynamique moléculaire (MD) court.
Caractéristiques
- Reconstruction de la chaîne latérale et relaxation MD
- Code tiers
- Fonderie Azure AI
- Reproduire les résultats de la préimpression
- Structures d'échantillonnage
- BioEmu est fourni sous forme de package installable via pip uniquement pour Linux
Langage de programmation
Python
Catégories
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/bioemu.mirror/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
