Il s'agit de l'application Linux nommée BLAST Ring Image Generator dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom BRIG-0.95-dist.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée BLAST Ring Image Generator avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Générateur d'images annulaires BLAST
DESCRIPTION
BRIG est une application multiplateforme (Windows/Mac/Unix) qui peut afficher des comparaisons circulaires entre un grand nombre de génomes, en mettant l'accent sur la gestion des données d'assemblage du génome.Veuillez citer l'article BRIG si BRIG est utilisé pour générer des chiffres pour les publications : NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple procaryote genome comparaisons, BMC Genomics, 12:402. PMID : 21824423
Features
- Les images montrent une similitude entre une séquence de référence centrale et d'autres séquences sous forme d'anneaux concentriques.
- BRIG effectuera automatiquement toutes les comparaisons BLAST et l'analyse des fichiers via une simple interface graphique.
- Les limites de contig et la couverture de lecture peuvent être affichées pour les ébauches de génomes ; des graphiques personnalisés et des annotations peuvent être affichés.
- En utilisant un ensemble de gènes défini par l'utilisateur comme entrée, BRIG peut afficher la présence, l'absence, la troncature ou la variation de séquence de gènes dans un ensemble de génomes complets, de génomes provisoires ou même de données de séquence brutes et non assemblées.
- BRIG accepte également les fichiers de mappage de lecture au format SAM permettant aux régions génomiques présentes dans les données de séquence non assemblées de plusieurs échantillons d'être comparées simultanément
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/brig/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
