Il s'agit de l'application Linux bspipe, utilisable en ligne sous Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom bspipe-1.3.zip. Elle est disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée bspipe pour l'exécuter sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
bspipe pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
BSpipe est un pipeline complet allant du contrôle de la qualité des séquences et de la cartographie à l'analyse fonctionnelle des régions méthylées de manière différentielle :(1) évaluation de la qualité du séquençage,
(2) nettoyage de séquence,
(3) mappage de lecture de séquence,
(4) quantification de la méthylation,
(4) des comparaisons d'échantillons basées sur le profil de méthylation,
(5) identification des DMR (régions méthylées différentiellement),
(6) annotation des DMR,
(7) analyse fonctionnelle de gènes différentiellement méthylés,
(8) génération de fichiers d'entrée pour la visualisation, et
(9) prise en charge des technologies de séquençage avancées telles que TAB-seq, OxBS-seq, MAP-it et NOMe-seq.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Shell Unix, Perl, S/R
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/bspipe/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
