Il s'agit de l'application Linux nommée CAMPARI à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom campari_v3_09052017.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CAMPARI pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAMPARI pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
Nous sommes fiers de vous présenter la version 3 de CAMPARI. Il s'agit d'un grand pas par rapport à la version 2, principalement en raison de la prise en charge complète d'OpenMP (parallélisme des threads) et des améliorations significatives de la convivialité et des performances. Nous avons également ajouté à nouveau un certain nombre de nouveaux algorithmes de la littérature récente, et CAMPARI continue bien sûr à prendre en charge le paradigme du champ de force ABSINTH et le modèle de solvatation implicite.CAMPARI est un package commun pour la réalisation et l'analyse de simulations moléculaires, en particulier de polymères d'intérêt biologique. Il se concentre sur une large disponibilité d'algorithmes pour l'échantillonnage (avancé) et est capable de combiner l'échantillonnage Monte Carlo et la dynamique moléculaire de manière transparente. CAMPARI offre à l'utilisateur un très haut niveau de contrôle sur toutes les fonctionnalités mises en œuvre. Pour plus d'informations et de fonctionnalités, veuillez vous référer à la page d'accueil du projet à l'adresse http://campari.sourceforge.net. La version 2 n'est plus activement maintenue mais la version finale reste disponible.
Comment ça marche
- Échantillonnage combiné MC et MD, MD dans l'espace cartésien ou torsionnel/corps rigide
- Parallélisation OpenMP efficace de toutes les routines d'énergie/force de base
- Analyse ou exécution à la volée comme outil d'analyse de trajectoire (également en parallèle)
- De nombreuses routines d'analyse intégrées (DSSP, cartes de contacts, fonctions de corrélation de paires, etc.)
- Prise en charge de plusieurs clusters structurels et algorithmes associés ainsi que des analyses de modèle d'état de Markov
- Entièrement documenté (html) et en plus livré avec 13 tutoriels
- Très haut niveau de contrôle (par exemple, contraintes holonomiques personnalisées dans MD)
- Large prise en charge des techniques de simulation multi-répliques parallèles comme l'échange de répliques dans l'exécution parallèle hybride MPI/OpenMP
- Installation d'analyse autonome pour les installations de modèle de clustering/état de Markov
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Fortran
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/campari/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
