Il s'agit de l'application Linux nommée codonPhyML dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée codonPhyML avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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codonPhyML
DESCRIPTION
codonPhyML utilise des modèles d'évolution des codons markoviens dans la reconstruction phylogénique. Étant donné un ensemble d'espèces caractérisées par leurs séquences d'ADN en entrée, codonPhyML renverra l'arbre phylogénétique qui décrit le mieux leur relation évolutive. Notre article décrivant codonPhyML a été publié dans la revue "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Pour plus de détails, suivez le lien : http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML fait la couverture de MBE ! Découvrez ceci (août 2013) : http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Pour la version multimodèle de CodonPhyML, veuillez utiliser l'archive 'codonphyml_multi.tgz'.
Fonctionnalités:
- Modèles d'évolution des codons markoviens : Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Heuristique de recherche de topologie arborescente NNI et SPR
- paramètres de taux de substitution estimés par maximum de vraisemblance
- prise en charge multicœur via OpenMP
- probabilité comparable entre différents modèles (c.-à-d. AA, NT et CODON)
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Console/Terminal, ligne de commande
Langage de programmation
C
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
