Il s'agit de l'application Linux nommée Covidex dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de Covidex_2021_11_27.rar. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Covidex avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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covidex
DESCRIPTION
Les sous-types ou clades viraux représentent des grappes parmi les isolats de la population mondiale d'une espèce définie. La sous-typification est pertinente pour les études sur l'épidémiologie, l'évolution et la pathogenèse des virus. En ce sens, Covidex a été développé comme un outil de sous-typage d'apprentissage automatique open source sans alignement. C'est une application brillante qui permet une classification rapide et précise des génomes viraux dans des clusters prédéfinis. Si plus de 1000 séquences sont chargées, l'outil s'exécutera en mode multithread. Capable de classer 16000 7 séquences génomiques en moins d'une minute (processeur AMD Ryzen 1700 8 3 cœurs XNUMX GHz)
Pour une version Web de l'application (uniquement pour les petits ensembles de données : 100 séquences max), veuillez accéder à
http://covidex.unlu.edu.ar
Si vous utilisez Covidex, veuillez envisager de citer la préimpression suivante :
https://biorxiv.org/cgi/content/short/2020.08.21.261347v1
Si vous pensez que mon travail est utile, vous pouvez m'acheter un café ! https://www.buymeacoffee.com/mcacciabue
Features
- Sous-typage de séquences
- Interface utilisateur conviviale
- Graphiques récapitulatifs
- Version portable pour Windows (aucune installation nécessaire)
- Mode multithread
Audience
Science/Recherche, Utilisateurs finaux/De bureau
Langage de programmation
R
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/covidex/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
