Il s'agit de l'application Linux CSBB-v3.0, dont la dernière version est téléchargeable sous le nom CSBB-v3.0.zip. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CSBB-v3.0 avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CSBB-v3.0
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DESCRIPTION
CSBB est une suite bioinformatique en ligne de commande permettant d'analyser des données biologiques acquises lors de diverses expériences. CSBB est implémenté en Perl, mais exploite également R, Java, Python et Ruby en arrière-plan pour certains modules. L'objectif principal de CSBB est de permettre aux utilisateurs de la biologie et de la bioinformatique de réaliser des analyses en aval sans avoir à écrire de code de programmation. CSBB est actuellement disponible sous Linux et UNIX.CSBB propose actuellement 18 modules dédiés aux tâches analytiques telles que la normalisation des quantiles supérieurs, la visualisation interactive et les pipelines de séquençage nouvelle génération. CSBB est désormais également capable de traiter des données publiques, offrant ainsi aux utilisateurs une expérience de pipeline de bout en bout.
Comment ça marche
- ARN-Seq
- Puce-Seq
- ATAC-Seq
- Normalisation
- Expression différentielle
- Traitement des données publiques
- Pipelines de bout en bout
- Open source
- Visualisation
- Bioinformatique
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/csbb-v3-0/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
