Il s'agit de l'application Linux nommée EigenMS à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous EigenMS.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée EigenMS pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
EigenMS pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
EigenMS est une méthode de normalisation implémentée dans R (et une version antérieure dans Matlab) disponible sous la forme d'un ensemble de deux fonctions qui doivent être utilisées dans une séquence.Veuillez télécharger le fichier EigenMS.zip (dernière version).
La dernière version téléchargée en octobre 2017 contient une correction de bogue pour la normalisation d'un seul groupe de traitement.
Le redimensionnement a été omis à partir de 2015.
EigenMS utilise SVD pour détecter les tendances de biais dans les données et les éliminer. EigenMS élimine les effets des facteurs connus et inconnus et peut être utilisé pour n'importe quelle plate-forme -omique.
Nous avons montré son utilité en LC-MS/MS et en métabolomique dans les deux articles suivants :
1) PMID : 19602524. « Normalisation des intensités de pic dans la protéomique ascendante basée sur la MS à l'aide de la décomposition en valeurs singulières ».
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformatique 2009
2) "Normalisation des données métaboliques avec EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS Un 2014
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
MATLAB, S/R
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/eigenms/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
