Il s'agit de l'application Linux nommée FASTQSim à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom FASTQsim_v2.0.tgz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée FASTQSim pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
FASTQSim pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
FASTQSim est un outil qui fournit la double fonctionnalité de caractérisation des ensembles de données de séquençage de nouvelle génération et de génération de données métagénomiques.FASTQSim est indépendant de la plate-forme de séquençage et calcule les distributions de la longueur de lecture, les scores de qualité, les taux d'indel, les taux de mutation ponctuelle, la taille d'indel et des statistiques similaires pour tout séquençage
Plate-forme. Pour créer des ensembles de données d'entraînement ou de test, FASTQSim a la capacité de convertir des séquences cibles en lectures in silico avec correspondance
profils d'erreur.
FASTQsim permet à l'utilisateur de simuler des ensembles de données de lecture individuels qui peuvent être utilisés comme scénarios de test standardisés pour la planification de projets de séquençage ou pour l'analyse comparative de logiciels métagénomiques. À cet égard, les jeux de données in silico générés avec l'outil FASTQsim présentent plusieurs avantages par rapport aux jeux de données naturels : ils sont indépendants de la plate-forme de séquençage, extrêmement bien caractérisés et moins coûteux à générer.
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/fastqsim/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.