Il s'agit de l'application Linux nommée Hamstr dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom hamstr.v13.2.6-bin-lib.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Hamstr avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Hamster
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DESCRIPTION
HaMStR a déménagé à https://github.com/bionf/hamstr où il fait maintenant partie du package HaMStR-OneSeq.
HaMStR est un outil basé sur un modèle Markov caché de profil pour une recherche orthologue dirigée dans les données de séquences EST ou protéiques. Le programme prend en entrée un groupe de base prédéfini de séquences orthologues (orthologues de base) et un ensemble de séquences d'un taxon de recherche. HaMStR combine ensuite dans une stratégie en deux étapes une recherche basée sur pHMM et une recherche inversée via BLAST pour étendre le groupe orthologue de base avec de nouvelles séquences du taxon de recherche.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/hamstr/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
