Il s'agit de l'application Linux nommée High-Throughput Tabular Data Processor dont la dernière version peut être téléchargée sous htdpinstaller.exe. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Processeur de données tabulaires à haut débit avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Processeur de données tabulaires à haut débit
DESCRIPTION
Le PROCESSEUR DE DONNÉES TABULAIRES À HAUT DÉBIT (HTDP) est une application Java destinée à faciliter les tâches d'exploration et de réduction des données dans les fichiers texte volumineux résultant des technologies à haut débit, par exemple le séquençage massivement parallèle ou les microarrays. Le logiciel a été optimisé pour les données de microarray et de séquençage parallèle profond, mais il peut accepter n'importe quel ensemble de données tabulaires délimitées par des caractères. HTDP peut également importer, traiter et convertir des fichiers VCF (Variant Call Format) ver. 4.0, 4.1 et 4.2 (http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf).
HTDP fournit une fonctionnalité de filtrage rapide et peut traiter des données constituées de fichiers d'entrée uniques ou multiples.
Citation : Madanecki P, Bałut M, Buckley PG, Ochocka JR, Bartoszewski R, Crossman DK, et al. (2018) Processeur de données tabulaires à haut débit - Outil graphique indépendant de la plate-forme pour le traitement de grands ensembles de données. PLoS ONE 13(2) : e0192858. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0192858
Comment ça marche
- fonctionne sur toutes les données de colonne délimitées par des caractères (par exemple BED, GFF, GTF, WIG, VCF)
- fusionner des fichiers de données tabulaires verticalement et horizontalement
- fusionner tous les fichiers de données tabulaires à l'aide de l'emplacement du génome ou des colonnes communes
- capacités illimitées de filtrage et de réduction des données
- différents fichiers en termes de format et de contenu peuvent être analysés en même temps
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/htdp/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
