Il s'agit de l'application Linux nommée isiKnock à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom isiKnockv1.0.0.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée isiKnock pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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isiKnock pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Les voies de signalisation sont des processus complexes et imbriqués. La perturbation des systèmes biologiques peut révéler l'interaction et les dépendances complexes des composants de la voie.isiKnock est un logiciel pour effectuer et visualiser automatiquement des knock-out in silico pour les voies de signalisation (Hannig et al. 2019). isiKnock prédit le comportement de knock-out sur la base du calcul des flux de signaux à l'état stable. Pour une explication du concept de knock-out in silico, nous renvoyons à Scheidel et al. 2016 et Amstein et al. 2017.
Hannig et al. (2019) isiKnock : knockouts in silico dans les voies de signalisation, Bioinformatique, 35(5), 892–894
Amstein et al. (2017) Les invariants du lamantin révèlent des voies fonctionnelles dans les réseaux de signalisation. Biologie des systèmes BMC, 11 (1), 72.
Scheidel et al. (2016) Études knock-out in silico de la capture xénophagique de Salmonella. Biologie computationnelle PLoS, 12(12), e1005200.
Fonctionnalités:
- Biologie des systèmes
- Coup de grâce in silico
- Perturbations
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/molbi-isiknock/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
