Il s'agit de l'application Linux nommée Javamony à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous Javamony.jar. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Javamony pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Javamony pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Basé sur le pas si réussi Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), le même étudiant déterminé reprend le problème phylogénétique.Javamony est invoqué comme suit :
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [aléatoire / pas à pas (arbre de départ)] [nombre de bootstraps] [outgroup taxon #1] [outgroup taxon #2] ...
Non conçu comme un programme d'inférence phylogénétique compétitif, Javamony est une opportunité pour moi d'acquérir le langage Java tout en apprenant à aborder et à résoudre des problèmes fondamentaux en phylogénétique. Par conséquent, pour mon propre bénéfice éducatif, tout le code est original. Bien sûr, il y a probablement aussi beaucoup d'erreurs.
Je distribue Javamony, comme j'ai fait Pysimony, en espérant qu'il aura une valeur éducative pour quelqu'un d'autre ou du moins vaguement amusant.
Les fonctionnalités à venir seront :
- Prise en charge des séquences d'acides aminés
- Prise en charge de formats de fichiers supplémentaires (par exemple Nexus)
- Multithreading
- Méthodes de notation supplémentaires (par exemple, maximum de vraisemblance)
Fonctionnalités:
- Utilise un maximum de parcimonie
- Lit un fichier d'entrée FASTA (ADN uniquement)
- Groupe externe établi par l'utilisateur
- Arbres de départ par addition aléatoire et par étapes
- Utilise la recherche d'arbres SPR (élagage et regreffe de sous-arbres)
- Effectue l'amorçage
- Produit le format Newick standard avec la prise en charge du bootstrap et les longueurs de branche
- Dessine l'arbre final avec la prise en charge du bootstrap
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/javamony/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.