Il s'agit de l'application Linux nommée mCarts à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom mCarts.v1.2.0.tgz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée mCarts pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
mCarts pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
De nombreux RBP reconnaissent des séquences très courtes et dégénérées, avec une spécificité de ciblage obtenue par des mécanismes tels que la liaison synergique à de multiples sites regroupés et la modulation de l'accessibilité du site via différentes structures secondaires d'ARN. mCarts intègre le nombre et l'espacement des sites de motifs individuels, leur accessibilité et leur conservation, ce qui améliore considérablement le rapport signal sur bruit. Cet algorithme apprend et quantifie les règles de ces caractéristiques, en tirant parti d'un grand nombre de sites de liaison RBP in vivo obtenus à partir du séquençage à haut débit d'ARN isolés par réticulation et immunoprécipitation (HITS-CLIP). Nous avons appliqué cet algorithme pour étudier deux RBP représentatifs, Nova et Mbnl. Malgré le très faible contenu d'informations dans les éléments de motif individuels, notre algorithme a fait des prédictions très spécifiques pour une validation expérimentale réussie.Audience
Science/Recherche, Utilisateurs finaux avancés
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mcarts/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
